求助，如何在VMD建模中加一层金板

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-10-12 10:52:06

近日在研究金吸附蛋白质的分子动力学模拟，请问如何在VMD中建一层或多层金板

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-12 10:56:44

VMD的建模工具，建立一个金板，存为pdb格式，然后用packmol将金板，蛋白，水，离子等一起放入盒子中。

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-10-12 12:04:56

本帖最后由 qingqingdong 于 2022-10-12 12:06 编辑

牧生发表于 2022-10-12 10:56
VMD的建模工具，建立一个金板，存为pdb格式，然后用packmol将金板，蛋白，水，离子等一起放入盒子中。

感谢回复，请问能详细一点嘛，我只知道可以在这里加金D:\工作\MD\vitamin

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-12 13:06:25

qingqingdong 发表于 2022-10-12 12:04
感谢回复，请问能详细一点嘛，我只知道可以在这里加金

不要出现中文名的路径

金板就是在这里建立的

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-10-12 15:04:35

本帖最后由 qingqingdong 于 2022-10-12 15:05 编辑

牧生发表于 2022-10-12 13:06
不要出现中文名的路径

金板就是在这里建立的

嗯嗯，路径那个我明白，但是我感觉我做的还是不太对，不像个金板，能麻烦再指点一下嘛

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-10-12 15:08:11

qingqingdong 发表于 2022-10-12 15:04
嗯嗯，路径那个我明白，但是我感觉我做的还是不太对，不像个金板，能麻烦再指点一下嘛

另，把蛋白质与金板组合起来放在一个盒子里用VMD里的Merge Structures不可以吗，先组在一起再加水盒子

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[VMD] 求助，如何在VMD建模中加一层金板