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[Gaussian/gview] 求助。与文献相似体系,相对能量却比文献大出十几万

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本帖最后由 明园 于 2020-5-30 18:13 编辑

社长,请问截图里的计算方法是否就是您说的这种方法呢?(文献已附上)
社长,我目前只用了您说的最粗糙的方法,通过 Sum of electronic and thermal Free Energies=后面的值 查看吉布斯自由能,#p opt freq wb97xd/genecp scrf=(smd,solvent=toluene),但是发现中间体与中间体间的吉布斯自由能相差极大,文献中相差就很小,是否是因为精度问题呢?(我的三个分子中A结构就相当于文献图中的1)

ren.png (12.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

社长的方法

社长的方法

computation.png (130.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

文献中计算方法

文献中计算方法

1574859623(1).png (108.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

这是文献中结构

这是文献中结构

enenryg.png (26.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

这个是我算的三个中间体

这个是我算的三个中间体

AG.png (100 KB, 下载次数 Times of downloads: 51)

AG.png

Chem. Sci.- 2019.11.3 -二价钯和四价钯.pdf

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发表于 Post on 2019-11-27 21:20:59 | 只看该作者 Only view this author
原子数、非赝势的电子数不守恒吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-27 21:35:34 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-11-27 21:20
原子数、非赝势的电子数不守恒吧

谢谢您,请问您是说我画的分子结构不对吗?还是说的是ABB*三个分子是由于原子数、非赝势的电子数不守恒才导致的自由能相差大呢?

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发表于 Post on 2019-11-27 22:08:24 | 只看该作者 Only view this author
只有化学组成相同的体系之间比较能量才有意义。差两百多Hartree一看就是那几个结构化学组成都不一致(或者对某种元素,有的结构计算用了赝势有的没用)
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-28 14:21:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-27 22:08
只有化学组成相同的体系之间比较能量才有意义。差两百多Hartree一看就是那几个结构化学组成都不一致(或者 ...

社长,我的结构中过渡金属都用了SDD。请问化学组成相同的意思是价数,原子数,都要相同吗?您看我上传的文献图中似乎也并不是都相同。请问为什么他们的能量也相差很小呢?

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发表于 Post on 2019-11-29 08:35:27 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2019-11-28 14:21
社长,我的结构中过渡金属都用了SDD。请问化学组成相同的意思是价数,原子数,都要相同吗?您看我上传的 ...

两个结构之间,每种元素的原子数都相同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 15:35:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 08:35
两个结构之间,每种元素的原子数都相同

谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 21:22:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-29 08:35
两个结构之间,每种元素的原子数都相同

谢谢社长,我明白了什么是化学组成相同了,但还有一个问题要问下您,您看30和31这两个中间体,就是相差一个py,按说它俩的化学组成也不同,但是能量相差也不大。请问以下两种计算方法哪种才是正确的呢?
1.优化31这个结构的时候,将py拿到远端,不让py与Pd成键,以这个结构进行优化。
2.单独优化31结构不带py,然后单独算py结构,得到两个结构的能量加在一起。
若有不对的地方,希望社长指点。

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发表于 Post on 2019-11-30 03:34:35 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2019-11-29 21:22
谢谢社长,我明白了什么是化学组成相同了,但还有一个问题要问下您,您看30和31这两个中间体,就是相差一 ...

30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小,那是因为31和单独算的Py的能量加在了一起

“拿到远端”这是没有意义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 10:28:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-30 03:34
30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小,那是因为31和单独算的Py的能量加在了一 ...

好的谢谢社长。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 11:42:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 明园 于 2019-11-30 12:05 编辑
sobereva 发表于 2019-11-30 03:34
30和31本身的电子能量相差得有几百Hartree
之所以图中看起来小,那是因为31和单独算的Py的能量加在了一 ...

社长,请问在甲苯环境中计算中间体及过渡态,但是温度是383.15K,能用图中您说的这种方法吗?
还是就算两遍结构,第一遍Thermal correction to Gibbs Free Energy=后面的值,第二遍用高精度算单点,然后两者加起来?

1575085257(1).png (20.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

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发表于 Post on 2019-12-2 02:15:13 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2019-11-30 11:42
社长,请问在甲苯环境中计算中间体及过渡态,但是温度是383.15K,能用图中您说的这种方法吗?
还是就算 ...

opt freq、单点、溶解自由能都应当单独算,博文最后有现成的例子
唯一区别是opt freq那一步加上temperature=383.15
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 08:50:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-2 02:15
opt freq、单点、溶解自由能都应当单独算,博文最后有现成的例子
唯一区别是opt freq那一步加上temperat ...

谢谢社长

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发表于 Post on 2022-10-14 08:16:28 | 只看该作者 Only view this author
请问,上面图的IN8下面对应的数据(2.4)和_3.4怎么来的呢

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