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[其它量化程序] Absolute values of the Duschinsky rotation matrix是什么软件作出的

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请教文献作图,这是什么软件作出的,文章中提到用ADF程序计算出两态之间的Franck Condon因子,从中提取出连接两态的Duschinsky旋转矩阵(J)和位移向量(D);
而这个图是两个态之间Duschinsky rotation matrix;谢谢

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发表于 Post on 2020-11-16 21:31:11 | 只看该作者 Only view this author
第一次听说ADF可以算FCF

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-16 21:37:43

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-16 21:37:57 | 只看该作者 Only view this author
chemhou 发表于 2020-11-16 21:31
第一次听说ADF可以算FCF

计算磷光发射

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发表于 Post on 2020-11-16 22:31:51 | 只看该作者 Only view this author
虽然不确定原图是什么软件作的,但是MATLAB可以作出类似的图,只不过默认配色区别会比较大。。。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-11-17 02:04:48 | 只看该作者 Only view this author
GaussView 6直接可以画Duschinsky矩阵,比如http://gaussian.com/gv6vibronic/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 08:30:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-16 22:31
虽然不确定原图是什么软件作的,但是MATLAB可以作出类似的图,只不过默认配色区别会比较大。。。

好的 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 08:38:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-17 02:04
GaussView 6直接可以画Duschinsky矩阵,比如http://gaussian.com/gv6vibronic/

好的,谢谢老师,我想再请教下,我计算的文件是需要给出两态的Duschinsky旋转矩阵(J)和位移向量(D)吗?还有图中始态末态是Duschinsky Matrix 值吗?谢谢

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发表于 Post on 2020-11-17 09:12:15 | 只看该作者 Only view this author
ORCA的比较新的版本的ESD(激发态动力学)模块也可以打印出Duschinsky matrix

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 14:52:29 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2020-11-17 09:12
ORCA的比较新的版本的ESD(激发态动力学)模块也可以打印出Duschinsky matrix

谢谢,我已经看了,是计算ISC过程那部分给出的Duschinsky matrices吗,我想再问下有相关计算例子吗?谢谢指导

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发表于 Post on 2020-11-17 15:11:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 让你变成回忆 于 2020-11-17 15:15 编辑
lijiaqi 发表于 2020-11-17 14:52
谢谢,我已经看了,是计算ISC过程那部分给出的Duschinsky matrices吗,我想再问下有相关计算例子吗?谢谢 ...

这部分内容我记得ORCA的手册上有例子,写得比较详细。但是由于算这个东西需要freq,而目前ORCA的freq貌似做得不太好,考虑到实际体系比较大,所以后来我就没关注了。可惜,要是能够给一定格式的freq文件让ORCA计算就好了。
另外,ORCA开发ESD这部分的作者也发过计算荧光、磷光速率的文章。(J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 1896−1904, J. Chem. Phys. 148, 034104 (2018))但是该方法之前我也在论坛里咨询过sob老师,sob老师觉得通过微扰理论+SOCME的方式计算磷光速率还是不算精确。不过用ORCA来替代某些能够算这些速率的商业化软件我觉得还是可取的。

我大概记得貌似在ESD计算时如果采用默认的printlevel不会输出dushin矩阵,需要采用higher printlevel

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 17:03:53 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2020-11-17 15:11
这部分内容我记得ORCA的手册上有例子,写得比较详细。但是由于算这个东西需要freq,而目前ORCA的freq貌似 ...

好的 谢谢 我去看看,我用ADF测试有机小分子磷光速率也是与实验有两个数量级误差,目前也是没有解决办法,谢谢了

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发表于 Post on 2020-11-18 02:32:44 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2020-11-17 17:03
好的 谢谢 我去看看,我用ADF测试有机小分子磷光速率也是与实验有两个数量级误差,目前也是没有解决办法 ...

算磷光速率问题用Dalton基于响应理论算是最佳选择,我之前的测试里也是结果最好的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-19 14:57:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:32
算磷光速率问题用Dalton基于响应理论算是最佳选择,我之前的测试里也是结果最好的

好的,谢谢老师,我去试下再和ADF对比一下

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