有机分子模拟通过分子间作用自组装时力场的选取

zwn · 发表于 Post on 2021-9-8 20:33:12

之前用gromacs模拟的体系比较固定，在力场选取的时候都是参考文献。最近做了一些尝试性的工作，在力场选取遇到了问题。模拟的是有机分子进行共组装的一个体系，主要是看生成团簇的形貌和进行氢键、π-π之前的弱作用分析。选取哪种力场比较合适，原子包括CHONS五种。gromos54a7 和amber99sb-ildn哪个更合适？原子电荷用resp

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-8 20:38:10

amber是全原子力场，gromos为联合原子力场。。所以原则上，对于CH3,CH2基团居多的体系，amber力场精度高于gromos力场。

但对于氢键，π-π的弱作用分析，感觉这两种力场区别不是很大。

zwn · 发表于 Post on 2021-9-8 20:39:36

牧生发表于 2021-9-8 20:38
amber是全原子力场，gromos为联合原子力场。。所以原则上，amber力场精度高于gromos力场。

对于氢键，π ...

嗯，谢谢您，对于氢键，π-π的弱作用分析，比较适合的力场都有什么呢？

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-8 20:50:16

zwn 发表于 2021-9-8 20:39
嗯，谢谢您，对于氢键，π-π的弱作用分析，比较适合的力场都有什么呢？

针对低浓度有机小分子水溶液，个人觉得在力场的精度方面，amber≈opls力场，其次gromos。

愚见，不一定正确。

sun666 · 发表于 Post on 2021-9-8 23:23:03

牧生发表于 2021-9-8 20:50
针对低浓度有机小分子水溶液，个人觉得在力场的精度方面，amber≈opls力场，其次gromos。

愚见，不一 ...

请问前辈gaff力场如何

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-9-8 23:56:02

你确定你说的是有机分子？你说的这两种力场都不能用于有机分子吧...

有机分子要用OPLS，GAFF，CGENFF这几种力场

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-9 01:19:18

amber99sb-ildn面向生物分子体系，根本就不适合小分子。小分子有专用的GAFF

老老实实用acpype产生GAFF（实质上是GAFF2）的就完了，方便省事

zwn · 发表于 Post on 2021-9-9 08:45:30

fhh2626 发表于 2021-9-8 23:56
你确定你说的是有机分子？你说的这两种力场都不能用于有机分子吧...

有机分子要用OPLS，GAFF，CGENFF这 ...

谢谢

zwn · 发表于 Post on 2021-9-9 08:47:09

sobereva 发表于 2021-9-9 01:19
amber99sb-ildn面向生物分子体系，根本就不适合小分子。小分子有专用的GAFF

老老实实用acpype产生GAFF（ ...

谢谢sob老师

xxzj · 发表于 Post on 2022-10-24 22:39:43

sobereva 发表于 2021-9-9 01:19
amber99sb-ildn面向生物分子体系，根本就不适合小分子。小分子有专用的GAFF

老老实实用acpype产生GAFF（ ...

老师，您好，我想模拟有机分子在甲醇溶液中的自组装过程。然后有机分子的参数通过ambertools+acpype获得，那么甲醇溶剂的参数能否也通过这个方式获得？在进行packmol搭建初始模型时，甲醇添加的数目或者位置是否有要求，还是我可以作为单独一项按照下面方式进行添加呢？辛苦老师了
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb
structure TB.pdb
number 100
end structure
structure methanol.pdb
number 1000
end structure

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-24 23:51:34

xxzj 发表于 2022-10-24 22:39
老师，您好，我想模拟有机分子在甲醇溶液中的自组装过程。然后有机分子的参数通过ambertools+acpype获得 ...

ambertools+acpype已经过时了，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）方便灵活普适得多。显然也适用于甲醇这么普通的分子

让packmol随机放置甲醇，填满一个不是很小的盒子就完了。

xxzj · 发表于 Post on 2022-10-25 18:21:30

sobereva 发表于 2022-10-24 23:51
ambertools+acpype已经过时了，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）方便灵活普适得多。显然也适 ...

老师，还需要再请教您三个问题，辛苦您
（1）水分子的参数文件是否也可以通过sobtop进行获取呢？
（2）进行有机小分子在溶剂中自组装过程是否和正常的gromacs模拟一样呢（packmol搭建模型随时放置溶剂分子和有机小分子，我目前小分子放了80个，甲醇让其填满是否就可以了）
（3）进行有机分子在溶剂中的自组装模拟，最后md模拟之后是否还需要其它操作去除盒子中的溶剂分子呢？还是不用去除

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-10-26 11:29:21

xxzj 发表于 2022-10-25 18:21
老师，还需要再请教您三个问题，辛苦您
（1）水分子的参数文件是否也可以通过sobtop进行获取呢？
（2） ...

1.不用用amber力场目录下自带的tip3p就行
2.一样，甚至都不需要packmol，直接用insert-molecules即可，自组装是一个自驱动的过程，尽量让初始的体系没有人为的“组装”倾向。
3.没必要，甚至有副作用。

xxzj · 发表于 Post on 2022-10-26 11:33:51

对抗路达摩发表于 2022-10-26 11:29
1.不用用amber力场目录下自带的tip3p就行
2.一样，甚至都不需要packmol，直接用insert-molecules即可， ...

好嘞，谢谢您，辛苦啦

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