求助：用forcite退火时怎么设置退火速率

LLYYTT

最近做动力学时需要用到退火，但有几个问题不是很明白，希望可以得到大家的帮助。谢谢大家！

1.用AC模块建立无定型晶胞后进行结构优化，优化时需要勾选优化晶胞吗？
2.退火时的温度间隔和退火速率应该怎么设置？比如初始温度240K，中间温度480K，温度间隔20K，退火速率20K/20ps怎么设置？
3.退火时需不需要勾选优化晶胞，退火时间设置多长比较合适？退火时NPT是不是应该选择velocity scale热浴？

xiaohuidan

请问楼主解决了吗

ABetaCarw

创腾公开课中有个perl讲解，提到了逐步升温的做法，你可以参考一下

1. #!perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use Getopt::Long;
   
5. use MaterialsScript qw(:all);
   
6. my $finalStructure;
   
7. my $doc;
   
8. my $allsteps  = 3000;
   
9. my $Frequency = 1000;
   
10. my $timestep = 1;
    
11. 
    
12. my $j=0;
    
13. for (my $i=0; $i<= 2; ++$i)
    
14. {
    
15. $j=$j+1;
    
16. my $temperature=50+$i*30;
    
17. 
    
18. $doc=$Documents{"$i.xsd"};
    
19. #########################################
    
20. #########################################dynamics
    
21. #########################################
    
22. my $results = Modules->Forcite->Dynamics->Run($doc, Settings(
    
23.         Quality => 'Fine',
    
24.         CurrentForcefield => 'cvff',
    
25.         Ensemble3D => 'NPT',
    
26.         Temperature => $temperature,
    
27.         Pressure => 0.06,
    
28.         NumberOfSteps => $allsteps,
    
29.         TimeStep => $timestep,
    
30.         TrajectoryFrequency => $Frequency,
    
31.         Thermostat => 'Nose',
    
32.         EnergyDeviation => 5e+008,
    
33.         InitialVelocities => 'Current',
    
34.         StressXX => -0.06,
    
35.         StressYY => -0.06,
    
36.         StressZZ => -0.06));
    
37.        
    
38. my $trajactory=$results->Trajectory;
    
39. $finalStructure=$results->Structure;
    
40. #########################################
    
41. #########################################analysis
    
42. #########################################
    
43. my $results = Modules->Forcite->Analysis->MeanSquareDisplacement($trajactory, Settings(
    
44. #        ActiveDocumentFrameRange => 2-5,
    
45.         MSDSetA => 'C'));
    
46. 
    
47. my $outTable = $results->MSDChartAsStudyTable;
    
48. 
    
49. $finalStructure->Saveas("$j.xsd");
    
50. $trajactory->Saveas("$i-$temperature.xtd");
    
51. $Documents{"$i Energies.xcd"}->Delete;
    
52. $Documents{"$i Temperature.xcd"}->Delete;
    
53. $Documents{"$i.xsd"}->Delete;
    
54. $Documents{"$i.xtd"}->Delete;
    
55. $Documents{"$i.txt"}->Delete;
    
56. #$Documents{"Status.txt"}->Delete;
    
57. $Documents{"$i Cell.xcd"}->Delete;
    
58. $Documents{"$i Density.xcd"}->Delete;
    
59. 
    
60. 
    
61. $outTable->Saveas("$i-$temperature-Forcite MSD.std");
    
62. $Documents{"$i Forcite MSD.xcd"}->Delete;
    
63. $Documents{"$i Forcite MSD.std"}->Delete;
    
64. #$doc=$finalStructure;
    
65. }
    
66. 
    

复制代码

LLYYTT

ABetaCarw 发表于 2022-10-21 16:15
创腾公开课中有个perl讲解，提到了逐步升温的做法，你可以参考一下

非常非常感谢您的帮助，我先具体看看脚本是怎么运行的