AMBER力场非键项的疑问

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-5-13 14:36:48

我们对MOF体系做了AMBER力场参数，结果发现用力场优化后的结构收缩的特别厉害。因为有关金属原子的成键项的力常数比较小，最终由于非键作用（静电）的吸引，优化后原子都挤在了一起。

MM里面一般取QM优化结构的键长键角为MM里简谐项的平衡值。那么在qm优化的稳定结构下，MM项中简谐键伸缩和简谐角震动都是最低点，力的贡献为0；二面角和1-4非键共同描述键的旋转，若二面角参数做的好，则力的贡献也是0。但是1-5及更远的非键作用，力的贡献就不为0了；而QM在优化结构上受力是0，所以MM优化后的结构必定偏离QM结构，如果非键太强可能还偏的很远。这是否算是力场方法的局限性？

现在我们在考虑不使用QM下的键长键角做平衡值，而对它们进行调整，比如调大一些，让成键项来抵抗静电的吸引，不知道这种想法靠谱吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-13 23:04:46

如果不熟悉力场拟合的话，就用amber里面现成的Metal Center Parameter Builder做

力场里面，非键参数和成键参数是耦合的，不是你想的那样

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-5-14 08:47:44

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2016-5-14 08:54 编辑

fhh2626 发表于 2016-5-13 23:04
如果不熟悉力场拟合的话，就用amber里面现成的Metal Center Parameter Builder做

力场里面，非键参数和 ...

呃，其实我们是做参数方法的。
我的意思其实很简单，就把QM优化过的结构代入力场函数中，取梯度，则：
简谐项为零；
二面角+1-4非键为零（若二面角描述的好）；
1-5及更远非键不为零。
所以1-5及更远非键有力残留，所以做MM优化后构型会改变。当然，一般来说1-5及更远非键作用很小，不过我们的MOF体系电荷很大，个别原子电荷(RESP)超过2，有时这个影响很明显。

简谐项为零是因为一般来说做参数方法，简谐项平衡值使用的就是QM优化过的结构里对应的键长键角，所以是二次函数最低点，导数是0。

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-14 12:29:06

KiritsuguPapa 发表于 2016-5-14 08:47
呃，其实我们是做参数方法的。
我的意思其实很简单，就把QM优化过的结构代入力场函数中，取梯度，则：
...

无论charmm还是amber，二面角的优化都是通过用MM来拟合QM的势能面扫描来做的，只有键长和键角可以取梯度。

所以在极小点上是二面角+1-4+1-5+...+1-n能量的一阶导数为零

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-5-17 11:11:11

fhh2626 发表于 2016-5-14 12:29
无论charmm还是amber，二面角的优化都是通过用MM来拟合QM的势能面扫描来做的，只有键长和键角可以取梯度 ...

谢谢谢谢！这么一想就清楚了，二面角和所有非键共同加起来才算最低点。以前一直只记得1-4非键

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-18 23:56:41

KiritsuguPapa 发表于 2016-5-17 11:11
谢谢谢谢！这么一想就清楚了，二面角和所有非键共同加起来才算最低点。以前一直只记得1-4非键

vmd里面有FFTK可以做这个

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-5-19 10:39:08

fhh2626 发表于 2016-5-18 23:56
vmd里面有FFTK可以做这个

嗯，看到过那篇文章。谢谢！

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[Amber] AMBER力场非键项的疑问

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