大蛋白conformational change sampling 方法求推荐

18217265596 · 发表于 Post on 2022-12-9 10:02:14

50k个原子希望sample蛋白两个分离的大domain的类似于夹子的开关变化
优先amber
看enhanced sampling方法眼看花了不知道看哪个
之前没有enhanced sampling的经验
求推荐文章/方法

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-12-9 10:47:15

不太清楚你说的过程是什么
常见的增强采样算法有两大类，一类是不需要CV的全空间运动加速方法，比如REMD，aMD，另一类是需要CV的重要性采样方法，只加速选定的方向上的运动，比如meta-eABF，MtD等，先想好要用哪一类方法，具体挑哪一种，也许影响不是那么大

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[综合交流] 大蛋白conformational change sampling 方法求推荐