GROMACS、mdrun指令中GPU调用问题疑惑。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-11-4 11:31:18

本帖最后由熊小熊于 2022-11-4 11:32 编辑

大家好，我想请问一下模拟计算时，不同的指令造成的不同计算问题，计算机CPU为8核16线程；
命令一：gmx mdrun -v -deffnm md;
命令二：gmx mdrun -v -deffnm md -gpu_id 0 -ntmpi 1 -ntomp 8 ;
两条命令都能进行计算且不会报错，但是命令一的计算速度与命令二计算速度相差甚远，奇怪的是在之前我使用命令一同样能达到命令二的计算速度，不知道为什么突然需要指定线程计算了（是ubuntu系统的原因吗），不指定的话，GPU就调用不起来了，所以我想问问这是什么原因导致的，这两种执行命令计算的结果是否似乎存在差异，我使用相同的命令生成伞采conf.gro文件时，两种方式下的conf.gro数量相差很大，这又是为啥？感谢您的解惑

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