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[GROMACS] 求助:模拟高浓度电解质推荐用什么力场

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我想用gromacs模拟一个含有高浓度电解液盐溶液的体系,阴离子在包括硫酸根,高氯酸根,请问用什么力场比较合适呢?

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发表于 Post on 2021-5-10 10:24:51 | 只看该作者 Only view this author
OPLS是optimized potentials for liquid simulations,从其全称可知其适用范围主要是液体体系。
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发表于 Post on 2021-5-10 10:55:01 | 只看该作者 Only view this author
知名的力场里面没有专门给多原子阴离子做特别考虑的。先搜文献,最好用文献已有的,到时候应对审稿人质疑比较方便。搜不到的话就只能自己创建拓扑文件自己弄参数。
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发表于 Post on 2021-5-10 11:18:59 | 只看该作者 Only view this author
从道理上可极化力场要好一点。AMOEBA,请。

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发表于 Post on 2021-5-10 16:04:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 10:55
知名的力场里面没有专门给多原子阴离子做特别考虑的。先搜文献,最好用文献已有的,到时候应对审稿人质疑比 ...

楼主要“高浓度电解液”,这个更麻烦。一般的离子力场模拟1或2M以上的浓度都够呛吧

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发表于 Post on 2021-5-11 05:42:16 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2021-5-10 16:04
楼主要“高浓度电解液”,这个更麻烦。一般的离子力场模拟1或2M以上的浓度都够呛吧

搞得比较好的还可以,诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行,一点几M的时候模拟出的NaCl都结晶成块了
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发表于 Post on 2021-5-11 14:46:10 | 只看该作者 Only view this author
http://www.wasatchmolecular.com/applep.html
可以参考一下这里的文章,APPLE&P 力场。
除此之外,AIMD能做的话还是不错的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-11 15:26:22 | 只看该作者 Only view this author
smooth85 发表于 2021-5-11 14:46
http://www.wasatchmolecular.com/applep.html
可以参考一下这里的文章,APPLE&P 力场。
除此之外,AIMD ...

请问这个力场能用于gromacs吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-11 20:29:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-11 05:42
搞得比较好的还可以,诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行,一点几M的时候模拟出 ...

卢老师,我这个高浓度电解液体系能不能金属阳离子用Merz力场参数,多原子阴离子用GAFF力场搭配凑合着用啊?这个多原子阴离子的力场好难找啊

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发表于 Post on 2021-5-11 21:24:48 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-11 15:26
请问这个力场能用于gromacs吗

网上有对应的介绍哈,貌似是不可以与GMX联用的,他有自己的一套代码。

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发表于 Post on 2021-5-12 11:51:37 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-5-11 20:29
卢老师,我这个高浓度电解液体系能不能金属阳离子用Merz力场参数,多原子阴离子用GAFF力场搭配凑合着用啊 ...

可以
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-6-1 22:09:36 | 只看该作者 Only view this author
要用专门的力场,https://github.com/orlandoacevedo/IL/tree/master/0.8*2009IL/ITP,最好看看文献中有没有之前别人拟合过的,否则做出来的结果大概率不能用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-2 21:26:41 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2021-6-1 22:09
要用专门的力场,https://github.com/orlandoacevedo/IL/tree/master/0.8*2009IL/ITP,最好看看文献中有没有 ...

是不是这个网站上面有提供的离子都可以直接拿来模拟高浓度的盐溶液呀?结果应该可靠吧?

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发表于 Post on 2021-6-18 20:46:47 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-6-2 21:26
是不是这个网站上面有提供的离子都可以直接拿来模拟高浓度的盐溶液呀?结果应该可靠吧?

你搜下原文,模拟结果我记得还是可以的

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发表于 Post on 2021-7-4 19:59:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-11 05:42
搞得比较好的还可以,诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行,一点几M的时候模拟出 ...

请教一下社长,如果模拟高浓度的有机分子溶液,比如2 M或更高,那么是不是比较推荐用KBFF力场,而不是推荐amber,gromos,或者opls?

如果用KBFF力场,那么,有机分子的itp,有没有对应的方法去得到啊?就类似ATB对应gromos力场,ligpargen对应opls力场的服务器。
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