有关膜蛋白建模的几个疑问

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-11-25 21:28:09

有些膜蛋白的构建问题想请教下社长。1、如果利用手头已有的膜，建立膜蛋白模型，发现膜太小了（如图），有没有什么好的办法在横向上扩大一下。

2、因为模拟结构的原因，需要建立3个蛋白单体，想问下插入蛋白的控制文件membed.dat里设置的参数在插入过程中是同时对3个单体生效的吗。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-25 23:03:39

发帖时候别用那么大字号

1 gmx genconf平移复制

2 我不知道你说的三个蛋白单体是分散的，还是作为一个完整蛋白的不同单元。如果是前者，需要分别插入，如果是后者，作为整体插入。

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-11-26 01:10:48

sobereva 发表于 2022-11-25 23:03
发帖时候别用那么大字号

1 gmx genconf平移复制

抱歉老师，以后字体会减小的。第二个问题是这样的，3个跨膜蛋白，一个是pdb原始结构，另外两个分别是原始结构正向负向旋转180度的镜像结构，按社长说的话，3个就要当做3个膜蛋白分别插入了吧。如果这样的话，是需要写3个dat文件，跑3次插入蛋白的动力学吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-11-26 15:40:55

你直接用CHARMM-GUI建模得了

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-27 01:01:27

uenh1998 发表于 2022-11-26 01:10
抱歉老师，以后字体会减小的。第二个问题是这样的，3个跨膜蛋白，一个是pdb原始结构，另外两个分 ...

如果图省事的话，可以先一次性插入试试，不行的话再分三次

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