lammps中一维周期性边界条件如何添加

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-5-28 12:39:46

lammps中，我了解到只能通过slab去除z方向的周期性，像这种模型能不能实现？
另外有人建议我在CNT四周加很大的真空层以去除周期性，但是关于库仑力使用Ewald或者PPPm方法，这样的误差是无法排除的，有文献提到极化力矩矫正不知道软件里面能不能实现。

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-28 19:57:07

lammps没用过，如果你需要的话我可以告诉你NAMD里面怎么做

ruanyang · 发表于 Post on 2016-5-29 10:36:41

fhh2626 发表于 2016-5-28 19:57
lammps没用过，如果你需要的话我可以告诉你NAMD里面怎么做

我觉的可以讲讲，在NAMD中实现，学习一下

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-5-29 13:21:10

fhh2626 发表于 2016-5-28 19:57
lammps没用过，如果你需要的话我可以告诉你NAMD里面怎么做

谢谢你的回复，那麻烦你讲一下NAMD的做法，大家都学习一下！

onigirinofruit · 发表于 Post on 2016-5-29 15:51:45

本帖最后由 onigirinofruit 于 2016-5-29 15:53 编辑

刚学lammps，用boundary命令只将x设为p，yz不设置为周期性不行吗？

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-5-29 16:24:02

onigirinofruit 发表于 2016-5-29 15:51
刚学lammps，用boundary命令只将x设为p，yz不设置为周期性不行吗？

这样的话库伦相互作用就无法使用Ewald等远程力方法了

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-5-30 12:33:09

ruanyang 发表于 2016-5-29 10:36
我觉的可以讲讲，在NAMD中实现，学习一下

首先是建立无限长的CNT，一般用VMD先画有限长的，然后再PSF里面手动添加几个跨越周期性边界的键长和键角
然后NAMD可以直接设定一维或者二维的PBC。PME肯定是不能用了，可以用新的MSM方法，或者直接把cutoff改大点儿
Z轴两边的压力差可以用tclforce或者tclBC实现

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