计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1976|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助:如何求链与链之间的平均距离

[复制链接 Copy URL]

1155

帖子

0

威望

4437

eV
积分
5592

Level 6 (一方通行)

各位好!目前我用 GFN2-xTB 优化得到了 3 条分子链相互作用的结构,如下图所示。希望用计算分子链两两之间的平均距离。请教各位应该如何求解? 是否有这种功能的脚本呢?谢谢大家!


1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

2#
发表于 Post on 2022-12-7 20:10:21 | 只看该作者 Only view this author
你怎么定义两条链之间的平均距离?对应原子的距离的平均值吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125159

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2022-12-8 05:24:38 | 只看该作者 Only view this author
可以对A链每个原子都计算与B链原子最近距离,然后取个平均,作为平均距离。现成脚本应该没有,自己写一个很简单
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:38 , Processed in 0.180919 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list