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[GROMACS] gromacs计算分子在溶液中的扩散系数

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各位大神,
     我看gromacs的gmx msd就可以计算单个分子在溶液中的扩散系数。只不过不太明白这个扩散系数的具体物理意义。我看最终出来的结果是在不同时间处就有一个msd值,这个msd值就对应着分子的扩散系数么?
     谢谢大家!

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发表于 Post on 2017-9-25 08:20:21 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-12-13 14:31:27 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师好,我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好,能否只计算一个分子的在水中的扩散系数(浓度非常低盒子内就1个。。),这样的结果靠谱吗,谢谢!
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发表于 Post on 2020-12-14 01:22:06 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-12-13 14:31
Sob老师好,我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好,能否只计算一个分子的在水中的扩散系数( ...

原理上,相同统计的时间尺度,同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话,应当跑的尽量长,这样才有充足的采样
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发表于 Post on 2020-12-14 07:33:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
原理上,相同统计的时间尺度,同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话,应当跑的尽量长,这样才有充足 ...

谢谢您的指点~
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发表于 Post on 2020-12-14 17:14:35 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-12-13 14:31
Sob老师好,我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好,能否只计算一个分子的在水中的扩散系数( ...

请问你使用MS计算扩散系数的吗

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发表于 Post on 2020-12-14 19:13:58 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-14 17:14
请问你使用MS计算扩散系数的吗

gromacs
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发表于 Post on 2020-12-14 19:17:51 | 只看该作者 Only view this author

你算的结果和文献接近吗。我最近想算氧气在水中的扩散系数和水的自扩散系数,MS算的值和文献差的比较远。

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发表于 Post on 2020-12-16 10:42:47 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-14 19:17
你算的结果和文献接近吗。我最近想算氧气在水中的扩散系数和水的自扩散系数,MS算的值和文献差的比较远。

对我那个水中离子的体系,重复文献结果是很接近的,你说的氧气这个我没算过,不过做的时候用的力场啥的最好和文献一致。模拟扩散系数一般都要跑比较久,M$跑得慢,力场也主要是ClassII类的。做这种gromacs就挺好,我是不会用M$去模拟扩散系数。
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发表于 Post on 2020-12-16 10:47:35 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-12-16 10:42
对我那个水中离子的体系,重复文献结果是很接近的,你说的氧气这个我没算过,不过做的时候用的力场啥的最 ...

好的。MS在专业搞计算的人眼里算是入门级的吗。。。。。

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发表于 Post on 2020-12-16 10:53:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-16 10:54 编辑
ocbrother 发表于 2020-12-16 10:47
好的。MS在专业搞计算的人眼里算是入门级的吗。。。。。

专业做计算的人一般不用M$做计算,也不会拿它入门(但可以用它的界面建模),不是入门的问题,是收费的问题。
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发表于 Post on 2020-12-16 10:54:58 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-12-16 10:53
专业做计算的人一般不用M$做计算,也不会拿它入门(但可以用它的界面建模),不是入门的问题,是收费的问 ...

好的。。大概明白了。课题组就我一个人搞分子模拟,自己装的还是DB的。

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发表于 Post on 2021-8-30 00:01:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
原理上,相同统计的时间尺度,同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话,应当跑的尽量长,这样才有充足 ...

我有一个问题想请教。放入太多溶质分子,溶液性质就会改变,会对计算得到的扩散系数有影响吗。

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发表于 Post on 2021-8-30 11:03:04 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-8-30 00:01
我有一个问题想请教。放入太多溶质分子,溶液性质就会改变,会对计算得到的扩散系数有影响吗。

显然会
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发表于 Post on 2022-3-22 17:01:22 | 只看该作者 Only view this author
如果是分子的话,gmx msd 分组是选取整个分子组?还是选取所有分子中的某一个原子?

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