charmm力场参数文件二面角的n(periodicity)和delta(phase shift angle)是什么意思？

gs树 · 发表于 Post on 2018-12-27 21:42:50

charmm立场参数文件二面角的n(periodicity)和delta(phase shift angle)是什么意思？如果拟合二面角参数，这两个值该如何设定？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-12-27 23:28:31

就是余弦函数的周期和相位

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-28 00:58:31

注意求助帖应当在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“charmm立场参数”改了，望以后注意。立场应当为力场

huangjing · 发表于 Post on 2018-12-28 14:55:23

V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))。除核酸力场以外的所有CHARMM力场，相位差delta固定在0度、或180度（相当于K取负值）。如果对于一个二面角有多个periodicity n值，则需要把每个n值对应的势能相加。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-12-22 20:22:53

huangjing 发表于 2018-12-28 14:55
V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))。除核酸力场以外的所有CHARMM力场，相位差delta固定在0度、 ...

大佬好，这里的一个二面角多个周期值指的是什么？什么情况下会出现呢？或者说在拟合二面角参数的时候怎么判断呢？有没有什么文献可以学习一下的？谢谢！

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2022-12-23 09:11:12

社会主义小战士发表于 2022-12-22 20:22
大佬好，这里的一个二面角多个周期值指的是什么？什么情况下会出现呢？或者说在拟合二面角参数的时候怎么 ...

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-12-28 10:00:12

chenjinfeng850 发表于 2022-12-23 09:11
https://doi.org/10.1002/jcc.21367
https://doi.org/10.1002/jcc.26138

感谢大佬！

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[NAMD] charmm力场参数文件二面角的n(periodicity)和delta(phase shift angle)是什么意思？