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[GROMACS] ATB保存文件时的问题

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各位老师,我使用autodock对接后,使用ATB生成小分子拓扑文件
因为之前看到说GROMACS是联合力场,ATB保存文件时应该保存united-atom文件
但发现united-atom文件比all-atom文件少了两个氢原子
所以请教一下各位老师,应该保存哪个文件?

ISO_original.pdb.PNG (21.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

ISO_original.pdb.PNG

ISO_united.pdb.PNG (22.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

ISO_united.pdb.PNG

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发表于 Post on 2022-1-23 18:57:19 | 只看该作者 Only view this author
ATB服务器得到的,应该使用united-atom。。

联合原子力场,其意义就是把比如甲基,乙基上的氢原子联合到碳上,所以united-atom就看不到那些氢原子了。。比如乙醇,CH3-CH2-OH会被联合为C-C-OH (这两个C在联合原子力场里面是会有区别的),放心使用united-atom。
但不可略去的原子仍然会保留,比如苯酚,它的united-atom和all-atom就是一样的。
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发表于 Post on 2022-1-23 22:05:28 | 只看该作者 Only view this author
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子版非极性氢不直接描述
用哪个都可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-25 19:32:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-23 18:57
ATB服务器得到的,应该使用united-atom。。

联合原子力场,其意义就是把比如甲基,乙基上的氢原子联合到 ...

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-25 19:32:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-23 22:05
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-1-9 11:12:19 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-1-23 18:57
ATB服务器得到的,应该使用united-atom。。

联合原子力场,其意义就是把比如甲基,乙基上的氢原子联合到 ...

请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢?

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发表于 Post on 2023-1-9 11:12:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-23 22:05
分清楚GROMACS和GROMOS
ATB对于有的分子既可以给出联合原子的也可以给出全原子的结构+拓扑文件
联合原子 ...

请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢?

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发表于 Post on 2023-1-9 11:16:02 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:12
请问大于40个原子的分子结构如何使用atb获取top文件呢?

上传全原子的结构式就行了啊,就会给出联合原子的top和gro

但我更建议用sobtop搞全原子的。精度比联合原子的高,且现代社会的算力已经足够了
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发表于 Post on 2023-1-9 11:26:54 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-1-9 11:16
上传全原子的结构式就行了啊,就会给出联合原子的top和gro

但我更建议用sobtop搞全原子的。精度比联合 ...

我也不知道为啥文献中全是用的53a6力场进行的模拟,而且都是很新的文献。

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发表于 Post on 2023-1-9 11:28:16 | 只看该作者 Only view this author
53a6也没错,但是amber+gaff更好。
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发表于 Post on 2023-1-9 23:25:12 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:26
我也不知道为啥文献中全是用的53a6力场进行的模拟,而且都是很新的文献。

尽信文献不如无文献
53A6比起AMBER+GAFF没有任何额外好处(除了可忽略不计的耗时降低外)
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