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[GROMACS] tppmktop网站在哪里下载扩充的opls力场

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请问tppmktop网站在哪里可以下载扩充后的opls力场呀?我上传了pdb后只能得到itp文件,没找到力场的下载位置

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发表于 Post on 2020-7-20 22:56:42 | 只看该作者 Only view this author
生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

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3#
发表于 Post on 2020-7-20 23:50:48 | 只看该作者 Only view this author
有OPLS原作者的ligpargen就没必要考虑第三方的人搞的半山寨的工具了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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truffle

4#
发表于 Post on 2020-7-21 09:42:35 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2020-7-20 22:56
生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

ligpargen只能处理200原子以下的分子,稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 Post on 2020-7-21 12:13:45 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子,稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

小分子力场不适合干这个,考虑把聚合物的monomer当残基一样处理吧……

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发表于 Post on 2020-7-21 15:45:52 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子,稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

聚合物那完全是另外一回事

比如CHARMM-GUI就有处理聚合物的工具

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7#
发表于 Post on 2023-1-16 23:40:16 | 只看该作者 Only view this author
https://github.com/gromacs/gromacs/tree/main/share/top/oplsaa.ff
我是在这里找到的力场文件,但看到二楼的方案我决定尝试一下。

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