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[GROMACS] 建立盒子时蛋白一小部分在盒子外面有没有问题

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各位老师好,有一个问题想请教一下。对于如图的蛋白结构(VMD已周期性显示),之前用的是立方盒子,但是有太多的空间被浪费掉导致模拟时耗时较多。现在换成了截角八面体盒子,浪费的空间小了,但是有一小部分在盒子外,但从图可以看到,蛋白离镜像 蛋白较远,不会相互作用到。请问社长拿这样的水盒子+蛋白去模拟合理么,不合理的话需要做些什么设置优化一下

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发表于 Post on 2023-2-7 02:16:42 | 只看该作者 Only view this author
当前看没有问题,但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转,那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mindist检查蛋白质与镜像间的最小距离确保足够大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-7 08:52:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-7 02:16
当前看没有问题,但跑起来之后若有大幅构象变化、体系大幅旋转,那就不一定了。
轨迹跑完了最好用gmx mind ...

谢谢社长,一般距离多少nm可以认为是足够大呢
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发表于 Post on 2023-2-7 11:43:44 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长,一般距离多少nm可以认为是足够大呢

一般超过cutoff就可以了,这个值可以在mdp里面找到,通常是1.2nm

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-7 14:21:23 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2023-2-7 11:43
一般超过cutoff就可以了,这个值可以在mdp里面找到,通常是1.2nm

嗯明白了,感谢
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发表于 Post on 2023-2-8 05:28:19 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-2-7 08:52
谢谢社长,一般距离多少nm可以认为是足够大呢

至少1.5 nm,>1.8nm更好

对于用PME算静电作用的情况,mdp里的cutoff只是控制实空间部分的截断半径,影响计算效率,而并没有物理上的意义
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