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[建模与可视化] 怎么用Nanotube Modeler生成碳原子均匀分布的碳纳米管?

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我用Nanotube Modeler生成碳纳米管,但是为什么有两个地方特别宽,没有碳原子呀,麻烦大佬们看下,我是什么没设置吗?

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发表于 Post on 2024-9-18 21:52:20 | 只看该作者 Only view this author
周期性重复的边界原子在gview里默认没当做球棍风格显示而已,别多想
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-18 22:01:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2024-9-18 22:17 编辑
sobereva 发表于 2024-9-18 21:52
周期性重复的边界原子在gview里默认没当做球棍风格显示而已,别多想

谢谢大佬,您的意思是不用管,只是显示问题对吗?其实那个缺口位置是有原子的。
那请问怎么都调整为球棍风格显示呀?我发现直接用那个文件去产生cp2k的输入文件,不是球棍风格显示的位置确实是没原子,还是应该显示出来。

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发表于 Post on 2024-9-18 22:42:24 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2024-9-18 22:01
谢谢大佬,您的意思是不用管,只是显示问题对吗?其实那个缺口位置是有原子的。
那请问怎么都调整为球棍 ...

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-18 22:52:00 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-18 23:06:51 | 只看该作者 Only view this author

大佬,我又发现一个问题。就是我把边界上的原子都显示出来,然后保存这个结构,它就又变回去了,变成原来不是球棍模型显示的了,这个要怎么解决呀?

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发表于 Post on 2024-9-19 02:57:18 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2024-9-18 23:06
大佬,我又发现一个问题。就是我把边界上的原子都显示出来,然后保存这个结构,它就又变回去了,变成原来 ...

纯粹的显示问题自己改呗
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发表于 Post on 2024-9-19 16:37:13 | 只看该作者 Only view this author
晶格自己还得调一下
感谢每位帮助过我的人

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