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[VMD] 求长链正构烷烃的成键、角、二面角的tcl脚本

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楼主
请问是否有大佬写过长链正构烷烃的成键、角、二面角的tcl脚本?想求一份学习一下二面角部分如何判断。

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发表于 Post on 2023-2-17 12:55:41 | 只看该作者 Only view this author
可以试试moltemplate,另外LigParGen可以生成lammps的top文件,或许修改一下可以直接拿来用
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发表于 Post on 2023-2-17 13:11:38 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “长链正构烷烃的tcl脚本” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-2-17 13:13:34 | 只看该作者 Only view this author
语义不明,说清楚具体想知道什么,是几何参数怎么计算,还是根据什么规则判断出什么东西,说清楚用在什么地方
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 18:13:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-17 13:13
语义不明,说清楚具体想知道什么,是几何参数怎么计算,还是根据什么规则判断出什么东西,说清楚用在什么地 ...

好的站长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 18:17:04 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-2-17 12:55
可以试试moltemplate,另外LigParGen可以生成lammps的top文件,或许修改一下可以直接拿来用

想这么做是因为壁面部分的topo结构必须用tcl脚本才能构建,所以想整个体系一起在VMD中用tcl解决topo结构的问题。但后来因为嫌烷烃的tcl部分太麻烦,我就用tcl做壁面,guess命令做分子体系,然后将两个data文件在Excel里面整合了(将第二个data文件的原子序号,化学键、角序号都在第一个data文件的基础上累加),也跑通了,这么做应该也是可行的吧?

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发表于 Post on 2023-2-17 20:02:38 | 只看该作者 Only view this author
sigusigu 发表于 2023-2-17 18:17
想这么做是因为壁面部分的topo结构必须用tcl脚本才能构建,所以想整个体系一起在VMD中用tcl解决topo结构 ...

可行的
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