能否完全使用开源软件完成分子对接的全流程？

SunRuikang

分子对接本身不难使用AutoDock vina这一开源软件及其变体来完成，但分子对接还需要进行前期准备（蛋白质加氢、能量最小化，配体离子化、异构体处理）和后期分析等操作。请问整个分子对接的流程能否完全使用开源软件完成？是否有这样的研究案例供学习？
个人知道openmm旗下有一个工具叫pdbfixer（ https://github.com/openmm/pdbfixer ），是用来准备分子模拟的，不太了解是否适用于上述问题。
学校应该是买了discovery studio，但我个人不太喜欢学术研究完全依赖商业软件，就来请教社区，谢谢大家。

zsu007

楼主可以检索VirtualFlow这个开源软件，大规模并行虚拟筛选软件。

喵星大佬

首先，vina官配的AutoDockTools完全可以完成前后处理，当然还有其他的辅助工具，比如AGFR可以用来处理受体，Meeko脚本可以用来处理配体

再就是Discovery Stuido可视化模块是学术免费的，可以直接申请下载，读入pdb文件做相互作用分析啥的是没有问题的，也包括绘制平面图这些非计算功能。同样的，用DSV可以正常的完成补充缺失原子，加氢等前处理。如果想补全缺失的loop，可以用Chimera里得Modeller模块(需要单独申请Key)

最后就是如果批量对接，vina官配的PyRx可以解决
以上全部是开源或免费程序

rpestana94

If you check autdock vina documentation the tutorial give you all the preprocessing but also chimerax can help to delete waters and an other component you don't want.
Chimerax can be use to prepare proteins and ligands
if you have ligands in different formats you can use openbabel
if for any reason you need to do an optimization of the ligands, orca ans xtb can help you with that
for docking you can use autodock vina, autodock, if you want to try other option, flare is a paid one but of you write an email they can give you a one year license
for results, autodock tools, chimerax, maestro (free for academia), Discovery studio visualization (free for academia)

frank666

使用AutoDock vina进行对接操作，并且使用开源软件进行前处理的论文非常多，可以搜一下。但我个人觉得其实不用太纠结于用不用商业软件，如果学校买了直接用就是了，便宜的也是最贵的（时间成本），可以估量好时间成本与经济成本后进行折中的选择。

SunRuikang

非常感谢大家的分享！在有license的情况下不用，是因为不太想让自己的技术储备依赖于相对单一的软件供应商，灌水区好像有一个同好刚买了软件，学校就被制裁了。