纳米通道水结冰退火如何设置？

XxxTy · 发表于 Post on 2022-10-18 15:33:34

各位老师好，我最近在进行纳米通道中水在高密度下结冰的模拟，为了让冰的结构能量最优，考虑进行退火设置，请问这种体系需要升高温度到多少K后退火呢？退到0K，还是退到室温比较好（模拟后续在室温温度下进行）？需要进行多次退火吗？请指点！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-18 23:33:25

没有你的体系模型难以准确回答
通常升温到水能充分自由运动即可
退火到0K肯定没问题，退火到室温难道能结冰？
建议多次退火

XxxTy · 发表于 Post on 2022-10-25 09:34:20

sobereva 发表于 2022-10-18 23:33
没有你的体系模型难以准确回答
通常升温到水能充分自由运动即可
退火到0K肯定没问题，退火到室温难道能结 ...

谢谢sob老师的提点！我尝试了一下，升温到1000K可以使纳米通道内高密度下的水自由运动。我打算从0K升温到1000K再退火到0K，升温和退火分别跑1ns，这个过程循环5次，您觉得这样合理吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 14:06:52

XxxTy 发表于 2022-10-25 09:34
谢谢sob老师的提点！我尝试了一下，升温到1000K可以使纳米通道内高密度下的水自由运动。我打算从0K升温到 ...

可以

动力学 · 发表于 Post on 2023-4-23 09:42:23

这个过程中老师您用到的水模型是哪个呢？Tip4p嘛？

XxxTy · 发表于 Post on 2024-5-15 16:20:18

动力学发表于 2023-4-23 09:42
这个过程中老师您用到的水模型是哪个呢？Tip4p嘛？

TIP4P、4P-2005、OPC都用了，都可以结冰

动力学 · 发表于 Post on 2024-5-21 09:11:37

XxxTy 发表于 2024-5-15 16:20
TIP4P、4P-2005、OPC都用了，都可以结冰

谢谢老师当您模拟完成后，需要对结冰的分子进行分类或者统计嘛？老师。不知道该如何去统计水分子类型

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-5-21 15:38:09

动力学发表于 2024-5-21 09:11
谢谢老师当您模拟完成后，需要对结冰的分子进行分类或者统计嘛？老师。不知道该如何去统计水分子类型{ ...

用bond-orientational order parameters就行，pyscal这个python库可以直接算

动力学 · 发表于 Post on 2024-6-5 21:36:13

您好老师，关于bond-orientational order parameters您有具体的文献或者方法可以参考不？因为是小白，所以不是很能理解您说的这个方法。

动力学 · 发表于 Post on 2024-6-5 21:36:38

Lacrimosa 发表于 2024-5-21 15:38
用bond-orientational order parameters就行，pyscal这个python库可以直接算

您好老师，关于bond-orientational order parameters您有具体的文献或者方法可以参考不？因为是小白，所以不是很能理解您说的这个方法。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-6-6 10:45:05

动力学发表于 2024-6-5 21:36
您好老师，关于bond-orientational order parameters您有具体的文献或者方法可以参考不？因为是小白，所 ...

实例可以参考这个：Homogeneous Ice Nucleation at Moderate Supercooling from Molecular Simulation
具体公式从这篇的引文里找就行

动力学 · 发表于 Post on 2024-6-6 16:16:30

Lacrimosa 发表于 2024-6-6 10:45
实例可以参考这个：Homogeneous Ice Nucleation at Moderate Supercooling from Molecular Simulation
...

好嘞好嘞十分感谢您

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[GROMACS] 纳米通道水结冰退火如何设置？