关于有机晶体体系npt模拟mdp文件书写的疑问

zhy336613

各位老师好，
本人在对有机晶体体系（250个分子的并五苯）进行分子动力学模拟，希望完成模拟后可以使用模拟后的结构再使用QMMM的方法进行研究（主要研究导电性能）。但由于接触gromacs还没多久，许多参数设定还不熟悉，希望各位老师帮忙查看一下mdp文件的书写是否有问题。用vmd观察结构大体看起来没什么问题，但在运行过程中出现了warning：

1. Step 20  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.00064 0.999439 0.986338
   
2. 
   
3. Step 50  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.999811 1.00114 1.0127

复制代码

谢谢各位老师！

sobereva

我无数次强调没事别用constraints     = all-bonds，搜论坛

rcoulomb和rvdw一般1.0或1.2就够了，1.4白增加耗时

没事甭自己改默认的fourierspacing

其它的没必然问题，至少是不结合具体体系结构文件没法判断适用性

zhy336613

sobereva 发表于 2023-2-24 06:02
我无数次强调没事别用constraints     = all-bonds，搜论坛

rcoulomb和rvdw一般1.0或1.2就够了，1.4白增 ...

谢谢sob老师！我照着您说的继续试试看！