求助通过sobtob生成重铬酸根的gromacs拓扑文件，gro在pymol打开后双键全都变成了单键

HYUAN · 发表于 Post on 2023-3-1 12:19:39

我是参照sob老师在sobtop官网中的例4，来生成重铬酸根离子在gromacs中的拓扑文件的，链接如下：使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 http://sobereva.com/635

首先我利用gaussian09构建重铬酸根离子结构，在真空和水溶剂下分别进行结构优化，得到.chk文件之后，通过gaussian转换为.fch文件，在将.fch文件保存为.mol2文件后，按照sob老师创建二茂铁拓扑文件的步骤进行操作，在生成的.gro文件用Pymol打开之后，发现重铬酸根离子的铬氧双键全都变成了单键。

然后我回过头去寻找出错的地方，在gaussview中打开.mol2文件之后发现，原本的重铬酸根离子变成了重铬酸分子，多了两个氢原子。但打开其文本文件之后发现文本中并不显示有多出的氢原子，我删掉氢原子之后再次保存，再打开之后还是显示有氢原子，我不确定生成的gro文件里双键变成单键是不是因为.mol2文件转化这里出现了错误，恳请各位老师帮忙看看

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-1 13:06:49

http://sobereva.com/534

HYUAN · 发表于 Post on 2023-3-2 08:47:58

牧生发表于 2023-3-1 13:06
http://sobereva.com/534

但是我按照能够显示出双键的方法打开之后，还是显示的单键，可以确定生成的就是单键，这种情况有没有可能是其他地方出现错误了呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-2 09:13:50

HYUAN 发表于 2023-3-2 08:47
但是我按照能够显示出双键的方法打开之后，还是显示的单键，可以确定生成的就是单键，这种情况有没有可能 ...

gro文件里又不记录形式键级，而且VMD默认又不显示形式键级
甭让gview在载入时自动加氢

HYUAN · 发表于 Post on 2023-3-2 12:15:24

sobereva 发表于 2023-3-2 09:13
gro文件里又不记录形式键级，而且VMD默认又不显示形式键级
甭让gview在载入时自动加氢

好的好的谢谢sob老师！

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[Sobtop] 求助通过sobtob生成重铬酸根的gromacs拓扑文件，gro在pymol打开后双键全都变成了单键

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