求助cp2k跑MD过程续算速度差异

chen0201 · 发表于 Post on 2023-4-20 15:25:08

本帖最后由 chen0201 于 2023-4-20 16:37 编辑

请问各位老师，我最开始用的是~.inp的文件跑的预平衡阶段，速度如图一。然后在121步把输入文件换成~.restart,发现计算速度提高了一倍（图二），请问老师，这样操作合理吗？后来跑了大概40步以后，速度又下降了一些（图三），请问老师，导致这种现象的原因是什么呢？

吞木木 · 发表于 Post on 2023-4-20 17:50:36

单纯的个人认为，你这里的时间是每个step的瞬时耗时，用来对比整个MD的参考价值不大，真正对比MD耗时的是通过跑多少step然后求一个平均耗时，通过命令grep 'CPU time per MD step'  查看out文件里的跑完当前step后的平均耗时。
比如：（第二列的数值就是，虽然我这个MD耗时贼不合理）
MD| CPU time per MD step [s]                   656.653468          537.301543
MD| CPU time per MD step [s]                   439.823169          536.241995
MD| CPU time per MD step [s]                   547.977688          536.368186
MD| CPU time per MD step [s]                   331.396066          534.187631

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 18:04:46

如果你监控输出文件看到是越往后每MD步中每轮SCF平均耗时越高所致，换个CP2K版本，或者MPI库试试。正常情况下不会有这种问题

chen0201 · 发表于 Post on 2023-4-20 18:28:47

本帖最后由 chen0201 于 2023-4-20 18:39 编辑

吞木木发表于 2023-4-20 17:50
单纯的个人认为，你这里的时间是每个step的瞬时耗时，用来对比整个MD的参考价值不大，真正对比MD耗时的是通 ...

是的，平均时间差不多的。最开始是以为这样会减短总时间，结果不会。

chen0201 · 发表于 Post on 2023-4-20 18:31:00

本帖最后由 chen0201 于 2023-4-21 09:22 编辑

sobereva 发表于 2023-4-20 18:04
如果你监控输出文件看到是越往后每MD步中每轮SCF平均耗时越高所致，换个CP2K版本，或者MPI库试试。正常情况 ...

是的，老师，越往后耗时越高，cp2k的版本是9.1的。请问老师，怎么可以提高计算速度呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-21 03:03:05

chen0201 发表于 2023-4-20 18:31
是的，老师，越往后耗时越高，cp2k的版本是9.1的。请问老师，怎么可以提高计算速度呢

可尝试的做法前面已经说了

chen0201 · 发表于 Post on 2023-4-21 09:21:41

sobereva 发表于 2023-4-21 03:03
可尝试的做法前面已经说了

明白了，谢谢老师

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