模拟水、甘油发生分层现象

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-9 14:07:28

模拟的是是野黄芩苷（51个原子的小分子，在水和甘油里溶解度都还行），和甘油、水的混合体系，本意是想看野黄芩苷在混合溶液中的自聚集现象，结果模拟之后水和甘油完全分层，野黄芩苷只存在于甘油的一侧，但水和甘油明明是可以混溶的，为何我这里会发生分层现象。建模是用gmx命令随机插入的，体系一开始还是散乱的的，跑着跑着就泾渭分明了。参数文件也没检查出不对劲的地方，劳烦感谢论坛各位老师帮我看看这是什么情况。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 16:07:50

[ atoms ]里都没设原子电荷，计算毫无意义

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-9 16:08:45

甘油和水分相了说明力场不太合适吧，先从文献中找一套能重现出相行为的力场比较好

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-9 16:14:21

sobereva 发表于 2023-3-9 16:07
[ atoms ]里都没设原子电荷，计算毫无意义

我太粗心了忽略了电荷这个问题，谢谢老师

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-9 16:14:42

Lacrimosa 发表于 2023-3-9 16:08
甘油和水分相了说明力场不太合适吧，先从文献中找一套能重现出相行为的力场比较好

好的，这就去找，谢谢老师

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[GROMACS] 模拟水、甘油发生分层现象

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