（已解决）molpro的z矩阵输入格式总是错误是为什么

yangjiajia

如题，因为两个不同的O原子想用不同的基组，所以一定要有标号。以前也没用过z矩阵计算，不知道哪里出了问题，请各位老师指教

paramecium86

z-matrix在对分子的定义上是从第一个原子一个原子一个原子的往下定义。第一行 第二行没有问题 你规定了 U 和 O1 两个原子的位置 但到了第三行 你规定了 Cl1 跟U之间的距离是 R1 这个没有问题 但是你接下来规定它和U O2 形成的夹角是 A1  就不合适了。因为O2 是一个还没有出现的原子，所以程序就会报错。

yangjiajia

paramecium86 发表于 2021-4-5 18:20
z-matrix在对分子的定义上是从第一个原子一个原子一个原子的往下定义。第一行 第二行没有问题 你规定了 U  ...

你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传，请您帮忙查看一下

乐平

yangjiajia 发表于 2021-4-5 13:34
你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传， ...

第三张图 1617622552(1).png 是你新上传的结构吗？

你也在第一次提问时说了

因为两个不同的O原子想用不同的基组，所以一定要有标号。

但是新上传的结构里 Cl , O, H 都没有标号呀……

yangjiajia

乐平 发表于 2021-4-5 23:21
第三张图 1617622552(1).png 是你新上传的结构吗？

你也在第一次提问时说了

我是标在前面的，我也不知道到底该怎么标号，老师给我的例子也是标在前面的。不过前面后面标号我都试了，全部都不行，z矩阵输入错误了[img][/img]

paramecium86

yangjiajia 发表于 2021-4-5 19:34
你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传， ...

你规定symmetry的地方有问题
不能写在geometry的括号里

比如我随便找一个例子
symmetry x,y ; Angstrom;
  geometry={O1;         
                  q1          O1  RO ;
                  Cl         q1  r1(i)               O1 AN ;      
                  O2          q1  RO              Cl AN         O1 DIH ;
                   }

  RO =   1.25789947
  AN=90.0
  DIH=180.0

yangjiajia

paramecium86 发表于 2021-4-6 10:28
你规定symmetry的地方有问题
不能写在geometry的括号里

你好，我用了你的例子。还是报错了，这可咋整锕

paramecium86

yangjiajia 发表于 2021-4-6 11:18
你好，我用了你的例子。还是报错了，这可咋整锕

我那个例子并没有写全，我只是给你展示symmetry x y那行应该写在哪里。

我这个里面有一个变量是要做do loop 的。也就是 r1(i) 那里 你直接就这样写当然不对了。你不要这么教条嘛。你自己试试在你自己的输入文件里 把 symmetry x,y; angstrom 单独写在外面 再算算看。
你是真的需要我给你一个完完整整的输入文件的例子么。。。。。

Yx0936

请问解决了吗