由于安装更新版本ORCA而导致的OpenMPI冲突应该如何处理？

Caroline2022

各位老师好，我是第一次在论坛发帖求助，如果哪里做的不合规，还请老师指正。
我是按照Sob老师的博文http://sobereva.com/451安装ORCA的，系统为CentOs 7。最初因为下载不到最新的ORCA安装文件，只能安装了ORCA4.1.0版本，对应的OpenMPI为3.1.3版，但是由于我粗心，在安装的时候将文件夹也命名成了老师帖子中的openmpi411，后面在修改.bashrc文件时发现了这个错误，但是也就将错就错的没有再去修改了。
后来发现ORCA无法正常运行，在群内求助了老师，老师建议不要使用老版本的ORCA，所以又几经周折下载到了ORCA 5.0.4版本的安装文件，按照要求需要安装OpenMPI 4.1.1。我又回头重读了一遍老师的451博文，看到里面写到：“如果你的机子里之前装有其它MPI库或OpenMPI的其它版本，且在终端里输入which mpiexec命令的时候指向的是那些库的目录，则ORCA有极大可能会无法正常并行，需要你恰当处理以避免其优先级盖过你自己新装的OpenMPI。具体怎么处理，关键取决于你当前机子里之前具体是怎么装的MPI库。如果你之前是把其它MPI库装到了你自定义的目录下而非默认的/usr/local/bin下面，你就把那个MPI库的目录名随便改一下，或者把那个MPI库在.bashrc里的配置语句注释掉（前面加#号）然后重新登录终端。如果其它MPI被你安装到了默认路径（如/usr/local下），可以把前文的$PATH:/sob/openmpi411/bin改为/sob/openmpi411/bin:$PATH、把$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi411/lib改为/sob/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH，然后重新登录终端，之所以这样做会奏效是因为此时openmpi411的路径会先于其它路径出现在这俩环境变量里，会被优先利用。”
但是我在终端中输入which mpiexec命令后，提示找不到mpiexec，内容如下：/usr/bin/which: no mpiexec in (/sob/amber18/bin:/sob/gmx2018.8/bin:/sob/amber18/bin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/home/dell/gauopen:/home/dell/g16/bsd:/home/dell/g16:/sob/packmol-17.333:/sob/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI:/sob/openmpi-4.1.1/bin:/sob/orca410:/sob/xtb/xtb-6.6.0/bin:/sob/Shermo_2.3.5:/root/bin:/home/dell/gauopen:/home/dell/g16/bsd:/home/dell/g16:/sob/packmol-17.333:/sob/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI:/sob/openmpi-4.1.1/bin:/sob/orca410:/sob/xtb/xtb-6.6.0/bin:/sob/Shermo_2.3.5)
所以我这时将原来错写为openmpi411的文件夹改为了openmpi313。然后我就按照博文的方法又安装了一遍OpenMPI 4.1.1，只不过文件夹的名字写为了openmpi-4.1.1。但是当需要在.bashrc文件中添加了下面语句：
export PATH=$PATH:/sob/openmpi-4.1.1/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi-4.1.1/lib
的时候，发现文件夹中没有bin文件夹。我这个时候意识到自己安装的OpenMPI 4.1.1是有问题的。再在终端里输入which mpiexec命令的时候，还是和上面的提示相同。我查看了以下安装时终端的输出（由于长度太长，无法粘贴在此）发现其中又warning的提示，但是安装还是继续往下走了。安装完的openmpi-4.1.1文件夹中内容如下图片所示。

请问各位老师，现在OpenMPI 4.1.1应该是没有安装成功，那么我应该如何处理这个文件夹呢？能够直接删除么？还是需要其他怎么操作？

wzkchem5

安装中间有warning正常，但是最终正常结束了吗？

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-16 16:58
安装中间有warning正常，但是最终正常结束了吗？

是的，老师，正常结束的

wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-16 10:05
是的，老师，正常结束的

应该是安装到了什么其他路径底下吧？
视你具体的configure方式而定，openmpi安装的文件夹未必和你解压开的源码文件夹是一个

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:08
应该是安装到了什么其他路径底下吧？
视你具体的configure方式而定，openmpi安装的文件夹未必和你解压开 ...

老师，那如何才能查找到安装到哪里呢？我也没有加其他的设置，就是按照Sob老师博文中的步骤：
用诸如tar -xf openmpi-4.1.1.tar.bz2命令解压OpenMPI压缩包，进入此目录，输入以下命令，OpenMPI就会被安装到/sob/openmpi411目录下
./configure --prefix=/sob/openmpi411 --disable-builtin-atomics
make all install -j
注：这里用-j是为了通过并行编译降低编译过程耗时。但如果编译中途出现诡异报错，去掉-j再试。
我输入了第一条命令tar -xf openmpi-4.1.1.tar.bz2来解压，发现文件夹的名称就是openmpi-4.1.1，而不是openmpi411，所以后面就把命令改成了./configure --prefix=/sob/openmpi-4.1.1 --disable-builtin-atomics

wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-16 10:16
老师，那如何才能查找到安装到哪里呢？我也没有加其他的设置，就是按照Sob老师博文中的步骤：
用诸如tar ...

安装以后，/sob/openmpi-4.1.1这个文件夹存在吗？（注意我问的不是openmpi-4.1.1，是/sob/openmpi-4.1.1，注意前面那个斜线）

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:19
安装以后，/sob/openmpi-4.1.1这个文件夹存在吗？（注意我问的不是openmpi-4.1.1，是/sob/openmpi-4.1.1 ...

老师，我不太明白您的意思，openmpi-4.1.1这个文件夹的Parent folder是sob文件夹，下面是openmpi-4.1.1文件夹Properties的截图

wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-16 11:42
老师，我不太明白您的意思，openmpi-4.1.1这个文件夹的Parent folder是sob文件夹，下面是openmpi-4.1.1文 ...

把编译时的所有输出信息另存为文本文件，上传上来，我们看一下

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-16 19:09
把编译时的所有输出信息另存为文本文件，上传上来，我们看一下

老师，由于我前几天编译的那个终端已经关闭了，所以我把openmpi-4.1.1.tar.bz2又拷贝到了一个新的sy文件夹下（sy文件夹和sob文件夹一样都位于根目录下）。然后打开终端，用tar -xf openmpi-4.1.1.tar.bz2命令解压OpenMPI压缩包，进入此目录，输入./configure --prefix=/sy/openmpi-4.1.1 --disable-builtin-atomics。下面是终端的显示，我另存为txt文件后上传在这里了。下面是编译后文件夹的截图，和在sob文件夹内编译完相比，少了一个share文件夹。

sy_configure.txt (204.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2023-3-17 09:16 上传 Uploaded

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编译是所有输出信息

wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-17 02:17
老师，由于我前几天编译的那个终端已经关闭了，所以我把openmpi-4.1.1.tar.bz2又拷贝到了一个新的sy文件 ...

这只是configure的输出，make的输出呢？

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-17 14:06
这只是configure的输出，make的输出呢？

老师，执行make all install -j 后终端的输出拷贝在下面的txt文件中了，有Error.

sy_make_all_install.txt (8.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2023-3-17 16:25 上传 Uploaded

点击下载
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wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-17 09:26
老师，执行make all install -j 后终端的输出拷贝在下面的txt文件中了，有Error.

报错信息说了
mv: cannot stat 'opal_datatype_position.loT': No such file or directory
也就是说，make过程中，需要移动一个叫opal_datatype_position.loT的文件，但是找不到这个文件。
那么现在问题就是，到底是本来就应该有这个文件，但是实际上没有产生呢？还是要移动另一个文件，但是make把这个文件的名字搞错了呢？
所以首先要做的事情是，搜一下这种报错信息（注意重点在于opal_datatype_position.loT等文件名，前后反而不重要），如果有别人遇到过的话，很可能可以搜到

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-17 17:03
报错信息说了
mv: cannot stat 'opal_datatype_position.loT': No such file or directory
也就是说，m ...

老师，我在论坛和Sob老师的博客以及google中搜索了opal datatype position这几个关键词，都没有找到相关的信息。但是我在/sy/openmpi-4.1.1/opal/datatype文件夹中找到了opal_datatype_position.lo文件，不知道这个lo文件和报错中的loT文件有什么关系么？
然后后面的几个错误提示中
mv: cannot stat 'opal_datatype_position.loT': No such file or directory
mv: cannot stat 'opal_datatype_fake_stack.loT': No such file or directory
mv: cannot stat 'opal_datatype_destroy.loT': No such file or directory
mv: cannot stat 'opal_datatype_resize.loT': No such file or directory
mv: cannot stat ‘.deps/opal_datatype_position.Tpo’: No such file or directory
mv: cannot stat 'opal_datatype_clone.loT': No such file or directory
opal_datatype_position，opal_datatype_fake_stack，opal_datatype_destroy，opal_datatype_resize，opal_datatype_clone也都找到了.lo文件，但是没有.loT文件。

wzkchem5

Caroline2022 发表于 2023-3-17 11:01
老师，我在论坛和Sob老师的博客以及google中搜索了opal datatype position这几个关键词，都没有找到相关 ...

那检查一下是不是configure的时候手抖了，或者因为什么其他原因误操作，导致在相关文件的某些地方不小心加了字母T

Caroline2022

wzkchem5 发表于 2023-3-17 18:23
那检查一下是不是configure的时候手抖了，或者因为什么其他原因误操作，导致在相关文件的某些地方不小心 ...

我检查了一遍，感觉不应该是手抖或者误操作。在两个不同的文件夹下编译安装了两次，都还是一样的错误提示。