求助，MS使用Forcite模块对COF材料进行结构优化，不知道为什么会发生扭曲变形

量化计算新手村 · 发表于 Post on 2021-6-25 19:58:46

各位大神，我使用了MS建立了一种COF材料的晶胞，然后使用 Frocite 模块进行结构的优化，发现得不到论文中一样的2D平面结构，材料中的分子会发生扭曲变形。我看了一下之前相关的贴子，上面讨论说是跟力场有关，但我尝试了模块里面的各种力场，发现结果都差不多。我又尝试了一下精度更高的Dmol3 模块，但都是算了十几分钟后就提示SCF不收敛，不知道有什么比较好的优化方法呢？或者说是MS本身不太适合做该类材料的结构优化？

swordshine · 发表于 Post on 2021-6-26 16:27:34

属于建模时操作的问题。画好后优化的第一步不要优化晶胞，然后找出对称性后再优化晶胞

量化计算新手村 · 发表于 Post on 2021-6-26 19:44:49

swordshine 发表于 2021-6-26 16:27
属于建模时操作的问题。画好后优化的第一步不要优化晶胞，然后找出对称性后再优化晶胞

第一步没有优化晶胞呢，都是先直接优化结构而已，然后优化完想找对称性，要么就依旧是p1，要么有其他的对称性，但跟论文中的不一样。我尝试着把论文中的晶胞拿过来，复制了他的单体进来优化，发现虽然扭曲的没有那么厉害了，但还是有一些部分发生了偏转，得不到完全的平面。

量化计算新手村 · 发表于 Post on 2021-6-26 19:46:37

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-6-26 20:05:06

H呢？搞笑呢？
结构画对了成键搞对了你用什么力场都可以。UFF都能搞。
弯折太严重先别搞优化先把晶胞参数调整到差不多再去clean。看着顺眼后再去优化。

swordshine · 发表于 Post on 2021-6-26 21:24:33

本帖最后由 swordshine 于 2021-6-26 21:25 编辑

COF建模第一步可以先不画氢，加了氢原子会非常复杂，不利于找到体系里对称性不对的地方，搞定对称性后再补上氢就可以了。你可以看看这个分子的原文献。如果有一些有机化学的知识，可以知道砜的氧是平面外的，如果是常规的eclipsed堆积，那么会有很大的位阻，要避免这种位阻，显然需要做处理，即再补一层该结构，把中间的含砜的环翻个身，让两层中砜的氧在不同侧。搞定后再补上氢进一步优化。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-6-26 22:20:05

不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应该搞完优化后再去删H 找对称才合适。

量化计算新手村 · 发表于 Post on 2021-6-26 22:43:13

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 20:05
H呢？搞笑呢？
结构画对了成键搞对了你用什么力场都可以。UFF都能搞。
弯折太严重先别搞优化先把晶 ...

氢都是先不加的吧，我感觉已经调整得蛮好的了，才去进行结构优化的，但还是找不到论文一样的对称性

量化计算新手村 · 发表于 Post on 2021-6-26 22:53:44

swordshine 发表于 2021-6-26 21:24
COF建模第一步可以先不画氢，加了氢原子会非常复杂，不利于找到体系里对称性不对的地方，搞定对称性后再补 ...

嗯嗯，论文中是提供了这个COF的晶胞文件的，他里面的确实是跟你说的一样，是加了一层的。我按照你说的，也多加了一层呢，但是一优化就是心碎的声音

，不知道怎么搞了。我尝试过从他的晶胞文件中复制一层结构放到一个新的空晶胞里面进行结构优化，然后就是得不到原来的P6/M对称性了。传了一个文章的cif文件一起，有兴趣的大神也可以试一下。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-6-26 23:15:05

量化计算新手村发表于 2021-6-26 22:43
氢都是先不加的吧，我感觉已经调整得蛮好的了，才去进行结构优化的，但还是找不到论文一样的对称性

不加H 你进行力场优化或者Dmol3计算纯属是在浪费计算资源

swordshine · 发表于 Post on 2021-6-27 08:18:54

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 22:20
不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应 ...

不知你有没有实际做过COF的建模，你可以试试一开始就带上H建个模，简单结构还好，复杂的根本找不到哪里出了问题。至于建模时的初步模拟，一个forcite下的geometry optimization只要几秒钟，何来资源一说

naoki · 发表于 Post on 2021-6-27 15:37:22

别的程序不知道，对于MS来说如果不加氢优化COF，必须手动分配力场和电荷才可能合理。

a9471163 · 发表于 Post on 2021-7-30 17:44:14

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 22:20
不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应 ...

您好，想请教一下，我有个COF，find symmetry的时候给出来的是P1，感觉不对，我预计是P3，请问这是为什么呢，我的结构看起来没问题了

iniway · 发表于 Post on 2022-11-17 02:54:21

以上的回复都没答到key point上，这种情况不管加不加H,都可能变形啊。因为没有对称性限制，一开始至少要用P3空间群限制就可以了。

corei70715 · 发表于 Post on 2022-11-17 03:25:03

做了N多次结构模型的表示问题就在于没加H

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