求助：MS二氧化硅建模（pdb）后做分子模拟体系带电

whh2

刚学MS没多久，在做水蒸气在晶体表面冷凝的分子模拟，在晶体数据库中下载了对应二氧化硅晶体的cif文件，但按照http://sobereva.com/soft/Sobtop/例九生成的itp文件系统带电（-13.2）；想问一下，这种情况下对体系的影响大吗？应该怎样建立对应的pdb文件才能呈现出电中性呢？

Lacrimosa

你没觉得-13.2刚好是-0.55的倍数吗？ 而且你cif文件里Si12O24, itp文件里Si24O60, 结构和itp都对应不上让别人怎么判断？如果体系只有Si/O，二者比例自然要1:2才能呈电中性

五月雨

Lacrimosa 发表于 2023-3-25 14:24
你没觉得-13.2刚好是-0.55的倍数吗？ 而且你cif文件里Si12O24, itp文件里Si24O60, 结构和itp都对应不上让别 ...

球状的SiO2晶体Si/O数目很难正好1:2，多出来的O原子是去掉，还是说直接修改Si原子的电荷数？

whh2

Lacrimosa 发表于 2023-3-25 14:24
你没觉得-13.2刚好是-0.55的倍数吗？ 而且你cif文件里Si12O24, itp文件里Si24O60, 结构和itp都对应不上让别 ...

cif文件结构里的硅原子只连了三个氧原子，这样是可以的吗

Lacrimosa

whh2 发表于 2023-3-25 18:39
cif文件结构里的硅原子只连了三个氧原子，这样是可以的吗

你的cif里所有的硅都连了四个氧原子，我不确定你这么说是不是因为没考虑周期性？

Lacrimosa

五月雨 发表于 2023-3-25 17:09
球状的SiO2晶体Si/O数目很难正好1:2，多出来的O原子是去掉，还是说直接修改Si原子的电荷数？

我不太明白你说的球状SiO2是指什么，意思是把SiO2晶体切成球形？如果是，那可以用氢把氧原子的悬挂键补上，做成Si x O 2x (OH)n的结构，这样就电中性了如果不想加氢，那也可以根据SiO2的力场参数改一下表面有悬挂键氧原子的电荷，改完之后结构应该刚好带有整数倍的负电荷，可以加阳离子配平

whh2

Lacrimosa 发表于 2023-3-25 18:49
我不太明白你说的球状SiO2是指什么，意思是把SiO2晶体切成球形？如果是，那可以用氢把氧原子的悬挂键补上 ...

您好，我把cif直接拖到MS里的时候SI是连了三个O，按照提供的参数自己建的是连了4个（MS是指两天刚接触的），然后悬挂的氧是指最外层的那些吗？加氢的话需要怎么操作呢？

WuQs

whh2 发表于 2023-3-25 20:54
您好，我把cif直接拖到MS里的时候SI是连了三个O，按照提供的参数自己建的是连了4个（MS是指两天刚接触的 ...

MS里有自动加氢的操作，但是需要自行检查对不对
Modify->Adjust Hydrogen如果你是新手的话，不建议去修改氧的电荷，挺麻烦的；可以先试试加氢。