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[GROMACS] 有机小分子在碳纳米管中的运动的拓扑文件建立的问题

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楼主
各位老师、社长好。我是模拟小白,想要做有机小分子在碳纳米管中的运动,需要分别构建它们的top文件,目前有两个比较困扰的问题:
1、对于有机小分子,查阅相关资料后,我的想法是利用guassveiw以及guassian构建出结构,并进行初步优化,然后利用mutilwfn计算出resp电荷,
最后用sobtop得出top文件。但是碳纳米管(已经有了pdb文件),需要再用mutilwfn进行resp电荷计算吗?还是直接用
sobtop一步到位得到top文件。
2、类似于模拟溶液中有机小分子在碳纳米管中的运动,我的想法是利用OPLS-aa或者CHARMM27全原子力场,想问问这样的做法合理吗?
谢谢

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发表于 Post on 2023-3-26 15:32:57 | 只看该作者 Only view this author
guassveiw应该是gaussview
对于碳纳米管,直接用sobtop得到itp,原子电荷为0即可,不用额外去计算电荷。
用OPLS-aa原则上是没有问题的,但是既然用了sobtop得到物质的top文件,那么,就全部用amber+gaff岂不是更方便?
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 17:42:28 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-3-26 15:32
guassveiw应该是gaussview
对于碳纳米管,直接用sobtop得到itp,原子电荷为0即可,不用额外去计算电荷。
...

好的,谢谢您

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发表于 Post on 2023-3-27 01:21:03 | 只看该作者 Only view this author
好好记住Gaussian和Multiwfn怎么拼
OPLS-aa叫OPLS-AA
用OPLS-AA和CHARMM27对此问题没有丝毫额外好处。若无特殊情况,建议始终默认用GAFF,有一堆各方面与之兼容的力场,还能用sobtop便利地创建拓扑文件,看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2了解为什么sobtop不去支持其它的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-3-27 09:24:56 | 只看该作者 Only view this author
我也在做碳材料方面的研究,我有一个问题,您这个模拟是否考虑静电力或者氢键相互作用?如果非要得到碳纳米管的原子电荷信息的话,得用cp2k算repeat电荷的方法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 00:32:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-27 01:21
好好记住Gaussian和Multiwfn怎么拼
OPLS-aa叫OPLS-AA
用OPLS-AA和CHARMM27对此问题没有丝毫额外好处。若 ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-3-28 04:46:46 | 只看该作者 Only view this author
1015866003 发表于 2023-3-27 09:24
我也在做碳材料方面的研究,我有一个问题,您这个模拟是否考虑静电力或者氢键相互作用?如果非要得到碳纳米 ...

碳纳米管表面的静电势分布不是均匀的,因此必然和小分子之间有不为0的经典静电作用(而且哪怕电荷分布是均匀的,小分子对碳纳米管的极化作用也可以进而造成不为0的经典静电作用),但这在一般的基于原子电荷的力场中无法表现。无限长的碳纳米管的所有碳原子都是等价的,原子电荷只能都为0,用REPEAT电荷也是如此。
对于有限长度的氢原子封端的碳纳米管,原子电荷并非都为0,但数值也偏离0不是很大,都当做0来近似也不是不能接受。这种情况可以用Multiwfn算CHELPG或MK拟合静电势电荷(此时用CP2K算REPEAT电荷没有任何额外好处)
碳纳米管和小分子之间不可能有氢键作用。虽然实际中碳纳米管的pi电子可以作为氢键受体形成pi-氢键,但基于原子电荷的力场无法描述。

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发表于 Post on 2023-3-28 18:44:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-28 04:46
碳纳米管表面的静电势分布不是均匀的,因此必然和小分子之间有不为0的经典静电作用(而且哪怕电荷分布是 ...

sob老师说的在理,我借楼请教一下sob老师,假设跟楼主问题一样,如果把碳纳米管换成有限长度的石墨烯,且石墨烯表面有含O、N等的官能团掺杂呢?此时原子电荷偏离的情况如何,是否还能用Multiwfn算CHELPG或MK拟合静电势

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发表于 Post on 2023-3-29 04:30:56 | 只看该作者 Only view this author
1015866003 发表于 2023-3-28 18:44
sob老师说的在理,我借楼请教一下sob老师,假设跟楼主问题一样,如果把碳纳米管换成有限长度的石墨烯,且 ...

此时必须计算原子电荷,可以用Multiwfn算
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