计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1827|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助用Multiwfn和VMD绘制分子HOMO和LUMO图,显示分子中间的S-S键断裂

[复制链接 Copy URL]

40

帖子

0

威望

247

eV
积分
287

Level 3 能力者

向老师请教:用Multiwfn和VMD绘制分子HOMO和LUMO图,但是结果显示分子中间的S-S键断裂,这种情况是绘制有误还是什么

W~7`]WPQ@81UH2BX%$3OQV8.png (124.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

W~7`]WPQ@81UH2BX%$3OQV8.png

1155

帖子

0

威望

4432

eV
积分
5587

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-12-22 18:34:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2023-12-22 19:13 编辑

其实吧,所有的模型显示软件,例如 VMD, GaussView, VESTA, Jmol, OVITO 等等,显示的都不是“化学键”,只是原子之间的连接方式而已。

之所以会出现所谓的“化学键”断开,只不过是上述这些程序用来判断原子是否连接在一起的默认值小于你的模型中某两个原子的实际距离,导致程序认为这两个原子没有连接。

你只需要修改判断值,就能把“连接线”,或者“连接棒”显示出来了。

VMD 的显示操作如下:




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-12-22 19:07:54 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

40

帖子

0

威望

247

eV
积分
287

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-23 10:39:25 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2023-12-22 18:34
其实吧,所有的模型显示软件,例如 VMD, GaussView, VESTA, Jmol, OVITO 等等,显示的都不是“化学键”,只 ...

我试了一下改了这个Distance cut0ff,但是我发现我一改所有的都变了,HOMO的分布感觉也变了,就变成图上这种,感觉很奇怪

1.png (117.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

1.png

87

帖子

0

威望

2172

eV
积分
2259

Level 5 (御坂)

小趴菜

5#
发表于 Post on 2023-12-23 14:53:19 | 只看该作者 Only view this author
星星到齐了吗 发表于 2023-12-23 10:39
我试了一下改了这个Distance cut0ff,但是我发现我一改所有的都变了,HOMO的分布感觉也变了,就变成图上 ...

原子颜色怎么调整的啊

40

帖子

0

威望

247

eV
积分
287

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-25 08:20:55 | 只看该作者 Only view this author
超限制抱怨 发表于 2023-12-23 14:53
原子颜色怎么调整的啊

原子颜色你是指图上的蓝绿吗,那是计算HOMO的结果,其他的就是它本来的颜色啊,O是红的S是黄的,没有调整

87

帖子

0

威望

2172

eV
积分
2259

Level 5 (御坂)

小趴菜

7#
发表于 Post on 2023-12-25 08:55:33 | 只看该作者 Only view this author
星星到齐了吗 发表于 2023-12-25 08:20
原子颜色你是指图上的蓝绿吗,那是计算HOMO的结果,其他的就是它本来的颜色啊,O是红的S是黄的,没有调整

我是说第一张图的球棍模型的颜色

40

帖子

0

威望

247

eV
积分
287

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-25 15:56:16 | 只看该作者 Only view this author
超限制抱怨 发表于 2023-12-25 08:55
我是说第一张图的球棍模型的颜色

这不是自带的吗,我没有改它

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 02:52 , Processed in 0.214662 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list