GROMACS只对部分原子热浴的警告会有影响吗？

Wenchuan · 发表于 Post on 2022-10-10 19:05:34

本帖最后由 Wenchuan 于 2022-10-13 10:41 编辑

由于需要对一些原子加一个力，使其产生流动，进行非平衡MD模拟，如果同时对这些原子进行热浴，会影响其流动，使流场不合理。因此用GROMACS只对部分固定原子而非整个系统热浴，这时会出现警告：Some temperature coupling groups do not use temperature coupling. We will assume their temperature is not more than 300.000 K. If their temperature is higher, the energy error and the Verlet buffer might be underestimated.由于不使用热浴的那些组需要产生明显的流动，其流动速度也会被认为是分子热运动，从而GROMACS认为的温度会比300K高大约1-30%。那这样计算结果是否合理呢？

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-4-30 19:53:10

请问您是如何实现只对部分原子热浴的呢？请问热浴时可否只考虑某些方向上的自由度？

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