MS计算氢键数量脚本求助

星空DMU · 发表于 Post on 2019-12-4 10:12:42

各位大神，小弟正在用MS 8.0 ，采用MD模拟研究润滑液的剪切行为。想计算不同速度下，润滑液中的氢键数量平均值。目前在MS安装文件里找到了一个脚本，如图所示。但这个只能计算某一帧的润滑液中的氢键数量，我想改下脚本，把轨迹文件每一帧都自动计算然后输出一个氢键数量平均值。不知道哪位大神能赐教一下，脚本该怎么改动。

苏三的酒 · 发表于 Post on 2020-5-5 10:52:24

你好，不知道您知道这个脚本怎么修改了吗？有偿

星空DMU · 发表于 Post on 2020-5-5 11:03:39

苏三的酒发表于 2020-5-5 10:52
你好，不知道您知道这个脚本怎么修改了吗？有偿

修改了，也不行，改为用VMD计算。

rdcfm1223 · 发表于 Post on 2023-2-10 16:22:27

大博士之前说过一个差不多的问题哎。正好这两天看到了，帮忙贴一下。
原文如下：
看你研究氢键什么问题，如果从结构上考察，按此文导出为xyz轨迹文件
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
然后在VMD里写Tcl脚本分析氢键（MS里也可以用perl脚本分析，但明显没VMD方便好用），网上也有很多现成的VMD分析脚本，诸如
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54

learn-GAUSSIAN · 发表于 Post on 2024-10-18 19:08:47

你好，可以把你的脚本，给我一个文件格式吗，感谢

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