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[Gaussian/gview] 优化结构怎么保证顺式异构体优化完还是顺式,反式优化完后还是反式?

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想问下各位知道高斯优化结构怎么保证顺式异构体优化完还是顺式,反式优化完后还是反式?

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发表于 Post on 2023-5-18 19:44:00 | 只看该作者 Only view this author
高斯输入文件里的三维坐标是能体现顺反的,只要初始结构合理,比如顺式,结构优化完还是顺式。当然了,优化完要打开输出文件看看的,届时还可以再次确认。高斯程序本身不管分子什么顺反,它只懂计算。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:07:11 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-5-18 19:44
高斯输入文件里的三维坐标是能体现顺反的,只要初始结构合理,比如顺式,结构优化完还是顺式。当然了,优化 ...

好的,谢谢,主要现在结构太多,优化完也不能一个一个看,想着尽量避免一下,那是不是使用限制性优化是可以避免这个问题

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发表于 Post on 2023-5-18 20:08:38 | 只看该作者 Only view this author
一般来说结构优化算法都会得到离你初始结构靠得比较近的能量极小点,所以一般最终的结构会保持初始的构象。但我觉得并不能百分之百保证。

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发表于 Post on 2023-5-18 20:17:44 | 只看该作者 Only view this author
咕噜咕噜 发表于 2023-5-18 20:07
好的,谢谢,主要现在结构太多,优化完也不能一个一个看,想着尽量避免一下,那是不是使用限制性优化是可 ...

确保初始结构合理,结合较小的优化步长上限,足够保证这一点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 21:24:08 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2023-5-18 20:08
一般来说结构优化算法都会得到离你初始结构靠得比较近的能量极小点,所以一般最终的结构会保持初始的构象。 ...

好的好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 21:24:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 20:17
确保初始结构合理,结合较小的优化步长上限,足够保证这一点

好的,谢谢

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发表于 Post on 2023-5-19 02:04:17 | 只看该作者 Only view this author
咕噜咕噜 发表于 2023-5-18 13:07
好的,谢谢,主要现在结构太多,优化完也不能一个一个看,想着尽量避免一下,那是不是使用限制性优化是可 ...

可以写个脚本,自动计算(或者自动从高斯输出文件里grep)优化收敛的结构的二面角。如果发现大部分都是0度,少部分优化完了变成180度,那就知道后者顺反错了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:08:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-19 02:04
可以写个脚本,自动计算(或者自动从高斯输出文件里grep)优化收敛的结构的二面角。如果发现大部分都是0 ...

这个怎么写了,不太懂这个

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发表于 Post on 2023-5-19 16:14:49 | 只看该作者 Only view this author
咕噜咕噜 发表于 2023-5-19 08:08
这个怎么写了,不太懂这个

用随便哪种脚本语言(例如bash或者python)来读取输出文件里的优化后的原子坐标,读取方法参见相应语言的手册或教材
然后按https://en.wikipedia.org/wiki/Dihedral_angle的公式计算二面角

掌握一门脚本语言是做计算化学的必需技能,但凡会一门脚本语言,又知道二面角的计算公式,必然可以自己编写脚本计算二面角
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-23 14:26:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:14
用随便哪种脚本语言(例如bash或者python)来读取输出文件里的优化后的原子坐标,读取方法参见相应语言的 ...

好嘞,多谢多谢

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