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[GROMACS] GROMACS做含非标残基的多肽模拟在生成拓扑文件时报错该怎么解决?

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本帖最后由 jxt 于 2025-1-22 10:17 编辑

大家好,我最近用GROMACS对含有非标准残基(具体为多肽N端的VAL的-NH2被乙酰化)的蛋白体系用 pdb2gmx命令生成拓扑文件时频繁报错,说非标残基上有一个C原子没有在我的pdb文件中,我对照rtp文件修改pdb中的非标残基原子名称,但仍然反复报错,实在不知道该怎么弄了,特来请教大神和卢老师。报错信息如下:


就很纳闷,明明我在pdb里定义的非标残基acV是第一个残基,但这里却说是2号残基,然后就是说我的rtp文件与pdb输入文件中有个C原子不对应。最后生成的topol.top文件大小是0,相当于第一步就没通过,特附上rtp文件、pdb文件供大神查阅(因为报错不涉及加H,就没有附hdb文件了)。

ace-4_etb_fix3.pdb

306.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

acV.rtp

3.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2025-1-22 12:13:07 | 只看该作者 Only view this author
公社里有其他人做非标准氨基酸模拟的帖子可以参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29955
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发表于 Post on 2025-1-22 13:42:14 | 只看该作者 Only view this author
AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就用乙酰基[ACE]的定义,把pdb里的残基名改成对应的就完了,没必要自己弄个非标准残基出来
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-22 14:04:23 | 只看该作者 Only view this author
感谢卢老师!我再试试

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