gromacs如何使用水以外的溶劑，謝謝指點

Tommylin · 发表于 Post on 2023-5-25 19:32:04

本帖最后由 Tommylin 于 2023-5-25 19:42 编辑

各位老師好
最近在研究有機分子聚集的情況與發光顏色，於是自學了Gromacs跑MD，目前使用水為溶劑是很順利的跑完，現在想使用其他溶劑試試看，像是CB(Chlorobenzene)或是THF/H2O混合溶劑
目前思路是搭配sobtop/multiwfn得到CB或THF的gro,top,itp檔，然後先建立一個盒子注入有機分子，再注入CB分子，但好像需要更改top檔等等，想请问一下各位老師该如何操作。

由于本身不是做模拟为主的，目前都是找相关文献和帖子自学，若思路上或是操作上有任何不对的地方也请各位指点一下，谢谢各位包含与指点

naoki · 发表于 Post on 2023-5-25 20:26:37

可以用packmol插入各种类型的分子来构建模拟盒子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... p;highlight=packmol
再像你说的生成.itp文件并include进.top文件中

Tommylin · 发表于 Post on 2023-5-26 02:38:34

naoki 发表于 2023-5-25 20:26
可以用packmol插入各种类型的分子来构建模拟盒子
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1 ...

好的，我再研究怎麼使用packmol，非常感謝

不過有一個小疑問
是一定要使用packmol嗎，沒有辦法直接在gromacs建立盒子跟插入各種分子嗎?

naoki · 发表于 Post on 2023-5-26 09:59:06

Tommylin 发表于 2023-5-26 02:38
好的，我再研究怎麼使用packmol，非常感謝

不過有一個小疑問

可以啊，用gmx editconf创建盒子，用gmx insert-molecules或者gmx solvate模块可以插入分子或者优化好的溶剂，不过构建初始结构时没有packmol灵活

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