关于gromacs中是否可以使用墙

tym1999

动力学模拟过程中由于周期性效应模拟完成后会出现分子跑到另一边的情况像如图2所示，（图1为模拟初始时的盒子）因为想研究两相界面处的情况（图2中蓝色分子与红色分子的界面），所以想避免这种情况，想问问可不可以通过采用二维周期添加墙势来避免这种情况？如果可以的话，动力学模拟mdp文件应该怎么设置呢？

dzdhp

可以的，可以用nwall设置墙，阻挡粒子穿过周期性边界，此时你想阻挡的方向不用周期性，比如pbc=xy,你就在z方向设一个墙，nwall=1，就一个墙，=2，在z=z-box处也有一个墙，具体用法你看看手册怎么写，大概是这个样子的。