能否利用分子的一部分片段用于计算过渡态

lionadala · 发表于 Post on 2023-6-5 12:23:24

如图所示，在图示分子C2位取代插入一个磺酸基团。整个分子一起算体系较大，过渡态检索一直失败（Gaussian计算的，收敛但不是想要的产物），想着取出红色方框里的部分片段进行过渡态检索是否可行？（平时做实验为主，对计算化学理论认识浅薄，还望高人指点）

超限制抱怨 · 发表于 Post on 2023-6-5 13:38:07

可以用差一点的泛函小基组算，感觉你的体系并不大。
无关紧要的部分倒是确实可以简化。

lionadala · 发表于 Post on 2023-6-5 16:02:53

超限制抱怨发表于 2023-6-5 13:38
可以用差一点的泛函小基组算，感觉你的体系并不大。
无关紧要的部分倒是确实可以简化。

感谢您的耐性解答：
（1）这只是主链的部分，最下面的侧链R没完整罗列出来，体系还是比较大，共计126个原子。
（2）泛函基组已经用的精度比较差的B3LYP 6-31g(d)基组了。
目前的情况是利用前线轨道理论和微缩福井函数确定了取代位点为C2和C3位置，就差反应路径的过渡态检索及验证了。
我试试小体系结果如何。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 20:14:50

磺酸基是插入到碳上？还是说你的意思是和羟基反应，变成磺酸酯？
先确认你推测的机理无误再看，有的时候过渡态找不到代表推测的机理错误，例如本来该是分步机理，但你认为是一步反应过去的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-6 09:54:44

体系模型较大和过渡态搜索失败没有直接因果关系
把体系简化，去掉不重要的部分，便于在反复尝试过渡态初猜的过程中节约耗时，这倒是可以。
也有的情况是体系其余部分在过渡态搜索的时候碍事，导致反应物往不希望的方向走而优化到其它极小点。这时候可以简化体系，先用简单干净的模型体系找过渡态，例如下图的例子。在此之后，必须再把体系结构恢复完整，确认过渡态在完整模型下也能优化出来。

lionadala · 发表于 Post on 2023-6-8 18:22:45

wzkchem5 发表于 2023-6-5 20:14
磺酸基是插入到碳上？还是说你的意思是和羟基反应，变成磺酸酯？
先确认你推测的机理无误再看，有的时候过 ...

好的，谢谢，我研究一下机理

lionadala · 发表于 Post on 2023-6-8 18:23:08

sobereva 发表于 2023-6-6 09:54
体系模型较大和过渡态搜索失败没有直接因果关系
把体系简化，去掉不重要的部分，便于在反复尝试过渡态初猜 ...

好的，谢谢老师

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