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[其它程序] packmol 怎么将粒子填充到圆柱体里

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本帖最后由 打豆豆的灰鸭 于 2023-6-6 10:13 编辑

q1:packmol 怎么将粒子填充到圆柱体里,(圆柱体盒子)图片中61是盒子长度,7是半径。

q2:我在ms建立一个惰性原子的纳米管,怎么用packmol将粒子填充进去




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发表于 Post on 2023-6-5 17:00:05 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/473

你会找到灵感的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-6 09:01:38 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-6-5 17:00
http://sobereva.com/473

你会找到灵感的

按这个来的有报错,想问问怎么正确设置

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发表于 Post on 2023-6-6 10:05:49 | 只看该作者 Only view this author
packmol不支持输出gro文件

并且放宽插入的范围反复尝试弄清楚情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-6 10:11:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-6 10:05
packmol不支持输出gro文件

并且放宽插入的范围反复尝试弄清楚情况

老师,这个问题解决了,我用packmol 建的圆柱盒子,在vmd打开是长方形,是显示问题还是别的,我把修改后的。inp文件贴在原帖上,老师看一下

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