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[综合交流] 使用懒人脚本利用ORCA和Multiwfn计算RESP2原子电荷时报错

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本帖最后由 liu_cpu 于 2023-5-30 09:11 编辑

老师您好,我在使用sob老师博文中的懒人脚本计算resp2原子电荷出现报错:Diagonalization failed with error。命令行输入的是./RESP2_ORCA.sh lig.mol2 -1 1 water。计算所需的lig.mol2文件是通过proteinplus计算质子化状态之后的下载的.sdf文件用gaussview转化成.mol2文件得到的,请问出现这种报错的时候该如何解决,之前没有接触过量化计算,想要得到一个resp2电荷用于动力学模拟,感谢各位i老师不吝赐教。输出文件opt.out 上传不了,截出了最后报错的地方。




屏幕截图 2023-05-28 171735.png (48.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

屏幕截图 2023-05-28 171735.png

屏幕截图 2023-05-29 223915.png (143.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

屏幕截图 2023-05-29 223915.png

lig.mol2

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opt.zip

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发表于 Post on 2023-5-30 03:34:36 | 只看该作者 Only view this author
取当前已经优化了几步以后的结构(xyz文件)作为初始结构,继续优化。如果还不行,改用笛卡尔坐标优化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-5-30 05:19:13 | 只看该作者 Only view this author
记清楚GaussView怎么拼

out文件压缩后不可能上传不了。论坛首页公告栏写了“上传大于500KB文本型文件前必须先压缩”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-30 09:10:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-30 05:19
记清楚GaussView怎么拼

out文件压缩后不可能上传不了。论坛首页公告栏写了“上传大于500KB文本型文件前 ...

好的,不好意思sob老师,这下记住啦Gaussview
老师,我刚刚上传了压缩的out文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-30 09:11:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-30 03:34
取当前已经优化了几步以后的结构(xyz文件)作为初始结构,继续优化。如果还不行,改用笛卡尔坐标优化

好的,老师我试试。谢谢您

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发表于 Post on 2023-5-31 02:51:17 | 只看该作者 Only view this author
liu_cpu 发表于 2023-5-30 09:11
好的,老师我试试。谢谢您

用VMD看优化轨迹(xyz)文件的最后一帧,如果没什么异常,手动编辑xyz文件,只保留最后一帧部分,然后把这个xyz文件作为脚本的输入文件继续跑。如果还有类似提示,把一些二面角轻微调节一下再试。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-31 11:00:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-31 02:51
用VMD看优化轨迹(xyz)文件的最后一帧,如果没什么异常,手动编辑xyz文件,只保留最后一帧部分,然后把 ...

好的,谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-6 21:05:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-31 02:51
用VMD看优化轨迹(xyz)文件的最后一帧,如果没什么异常,手动编辑xyz文件,只保留最后一帧部分,然后把 ...

sob老师,报错之后只新生成一个opt.out的文件,是需要将脚本中的某些地方注释掉才能保留优化轨迹文件(xyz)吗?请问使用这个脚本如何找到优化轨迹文件呢?谢谢老师不吝赐教!尝试找了一些方法,但是没有成功,只能再次来提问。

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发表于 Post on 2023-6-7 09:37:45 | 只看该作者 Only view this author
liu_cpu 发表于 2023-6-6 21:05
sob老师,报错之后只新生成一个opt.out的文件,是需要将脚本中的某些地方注释掉才能保留优化轨迹文件(xy ...

优化过程中默认就会在当前目录下产生记录优化每一帧结构的xyz轨迹文件,如果没产生,可能是连一帧都没跑完
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发表于 Post on 2023-6-7 11:14:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2023-6-7 11:38 编辑

opt.chg (3.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


我试了一下,没有任何报错,非常顺利完成。   你不需要手动加上water,脚本默认就是用water当溶剂
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-9 15:20:59 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-6-7 11:14
我试了一下,没有任何报错,非常顺利完成。   你不需要手动加上water,脚本默认就是用water当溶剂[/b ...

请问你是自己用的我上传的.mol2文件作为输入文件计算的吗?为什么我后面用Gaussian计算的时候也报错了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-9 15:24:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-7 09:37
优化过程中默认就会在当前目录下产生记录优化每一帧结构的xyz轨迹文件,如果没产生,可能是连一帧都没跑 ...

好的,在过程中确实产生了xyz轨迹文件,但是最终报错之后,目录下就只剩下opt.out文件了。我后面将其中一个xyz轨迹文件中的最后一帧的部分作为输入文件,就没有产生报错了。谢谢sob老师

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