水分子层的厚度会影响qm/mm PES的能垒结果吗

llh · 发表于 Post on 2023-6-21 17:26:42

在做一个酶体系的时候，选了两个结构（相似）做去酰化阶段，选了3个wat 纳入qm区，但保留的水分子层的厚度不同。结果：预期反应更快的（水分子层3.5埃，但结构更合理一些）能垒却达40Kcal, 水分子层为2埃（结构比前者稍差）的能垒为27Kcal。

对比二者的结构，并未发现异常情况。对比过渡态（能垒高的"过渡态”是按照低的的反应坐标变化找的对应结构），结构很相似，除了多了一些水分子之间的氢键作用。

不知是否会有水分子层（更多氢键）的影响，还是不需要考虑这方面而从其他方面考虑原因呢？

求大佬指点。非常感谢！！

Huschein · 发表于 Post on 2023-6-21 18:28:47

用QMMM方法直接计算能垒吗，那感觉很受QMMM区划分的影响，算能垒的话建议还是做成簇模型优化后计算，更加精准吧

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-21 21:45:57

没具体结构图很难说
哪怕水层厚度相同，显式水分子层的排布就可能对算出来的势垒产生影响。如果没有确切的水参与反应的证据，用更简单省事的隐式水模型反倒可能更好，自然而然就考虑了溶剂的平均化的效应

llh · 发表于 Post on 2023-6-21 22:07:44

Huschein 发表于 2023-6-21 18:28
用QMMM方法直接计算能垒吗，那感觉很受QMMM区划分的影响，算能垒的话建议还是做成簇模型优化后计算，更加精 ...

做了优化，就是优化之后的结构稍有差异，但在用反应坐标驱动法做势能面扫描算能量出现了差异很大的结果

llh · 发表于 Post on 2023-6-21 22:41:23

sobereva 发表于 2023-6-21 21:45
没具体结构图很难说
哪怕水层厚度相同，显式水分子层的排布就可能对算出来的势垒产生影响。如果没有确切的 ...

谢谢sob老师。是有水参与反应的。下面截图中，棒状为qm区，线性为mm区，左图为保留2埃的过渡态结构，右图是保留3.5埃水分子的对应左图的“过渡态”结构。
附件为原结构文件，由于文件过大，切割只保留5埃。

111-222-5a.pse (176.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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