计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 747|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 关于CP2K中添加限制势做AIMD模拟的问题求助

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

135

eV
积分
139

Level 2 能力者

想做一个水分子诱导催化剂表面重构的模拟,因此希望通过添加限制势来实现让水分子靠近催化剂表面,导致催化剂表面重构。

具体做法是参考这篇文献(doi.org/10.1021/acscatal.8b01232)中的SI部分(见图1)。



我在inp文件中对限制势的设置如图2。其中1-141是指定所有水分子中的原子,Z0取值为催化剂表面的z值,B是参考文献公式计算近似取的值。具体文件见附件。



用NVT跑了2.7ps,结构从图3变为了图4。



求助的问题是:1.目前的结果看来水分子中有一部分往上走,有一部分往下走,这是否说明催化剂(Cu2O)表面对水分子吸附的影响要强于限制势的影响(即不加限制势情况下跑NVT也能得到这种结果,加限制势用处不大?) 2.如果希望真空层上方的水分子全部靠近催化剂表面,甚至发生水的解离应该怎么做?





cu2o_water1.inp

16.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 14

输入文件

197

帖子

1

威望

1108

eV
积分
1325

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2023-6-26 17:02:58 | 只看该作者 Only view this author
没有跑过类似的体系,但是好奇一下2ps过后的水分子分布一点都不随机。尤其是上方的水分子部分

4

帖子

0

威望

135

eV
积分
139

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-26 22:18:51 | 只看该作者 Only view this author
您好,我觉得不随机主要可能有两个因素影响,一个是加的限制势,一个是催化剂对水的相互作用。我认为是限制势的影响起到了作用,但我想知道并讨论的是:1)理论上来讲,不加限制势去跑NVT,靠Cu2O对H2O的相互作用是否也能得到类似的结果(即限制势影响很小)?。2)不管如何,从结果来看目前所加的限制势并没有达到我想要的结果(想让水全部下来靠近催化剂表面,水发生解离)。要达到此效果,按那篇文献所展示的图来看,是否需要对限制的FUNCTION按Z进行分段?(在离催化剂表面较远的上部施加一个常数的限制势,而在离催化剂表面较近处施加一个随|(Z-Z0)|的减小而减小的函数?如果这样不行不知道还有没有其他方法可以实现,希望能够得到指点,其他问题也欢迎讨论。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-6-26 23:25:26 | 只看该作者 Only view this author
直接跑固-液界面体系,可以当三维周期性计算,上、下层发生的现象也可以都研究
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 12:49 , Processed in 0.218308 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list