求助，关于势能图中0势能面的设置和相对能垒问题

雾雨魔理沙daze

  老师好，我现在想绘制如图1这种势能图，但遇到了一些问题。为了方便表述，我先描述一种计算方法：比如一个两步反应，最开始的实际能量是90，设其是0势能面，然后到第一步的产物实际能量是100，相对0势能面能量是10；第二步插入一个新的物质，设其实际能量是150，第二步的产物实际能量是200，此时算出来这一步的能量变化是200-150-100=-50，然后拿-50加上前一步的相对能量10 则到产物相对于0势能面的的能量是-50+10=-40。这样在整个势能面看来，最终产物相对于0势能面是-40，是能量更低的，但实际上其绝对能量是200，而起始物实际能量是90，产物是高于最开始的反应物的，所以这种算法我感觉肯定是不对的，势能面就没有其相对于势能面的意义;但是如果拿最终产物的实际能量200减去反应物的能量90算出相对能量，则产物相对于0势能面就有110能量。但是这样比如图二中，本来在加入新物质前的能垒都在几十kcal/mol，而在从外引进一个新的物质后，因为其本身的能量，相对0势能面的差值就会突然拉大几百kcal/mol，但是像图一一样的文献中的势能图的位置都在-100~100之间，这感觉也不对。
  我的问题就是，当比如中途加入一个催化剂以及其之后离去时，其本身单独的能量该怎么算入势能图中？有点冗杂，麻烦老师了！

Huschein

当然是加入什么的时候，复合物总体能量减去加入物质的单点；同理什么物质离去的时候就是复合物能量加上离去物质的单点

pal

前后稳定态得满足原子类型及数量完全一致，不然能量完全没有可比性，所以说如果你的初态是反应物和催化剂复合物的能量，终态也还是这些原子，这个图里描述的其实是每个步骤对应的能垒，不是说画的TS1-1a就是24.0，24.0应该是TS1减去1a和PMe3吸附态的能量。