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[GROMACS] 关于黏度模拟时一些参数的设置问题

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Level 5 (御坂)

本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-7-3 10:35 编辑

各位老师们好,我在模拟一种液态烃在常温下的黏度时,发现周期扰动法模拟得到的黏度与实验值差异较大。

在查找论坛中之前相关讨论的帖子时,得知mdp参数设置、力场参数、用的模型等都会对结果有较大影响。目前我使用的是sobtop产生的GAFF力场,电荷为RESP2电荷。对模型的分子数(1000-10000)和加速度(0.01,0.025,0.05)分别做了测试,结果如下图所示(蓝线为模拟结果,橙色虚线为实验所测得的参考值)

我看到之前相关帖子中(http://bbs.keinsci.com/thread-21724-1-1.html)sob老师提到
体系从小到大可以做个结果的收敛性测试,直到确认盒子够大

但从目前结果来看,即使分子数达到了10000,盒子还不够大。
对于加速度的外推,由于在0.05时结果就已经偏大,外推至0的话似乎误差会更大。
对于模拟时间,我也尝试过跑更长的时间来减小统计误差,但发现跑20ns和2ns结果差异不大,因此,测试都只跑了2ns,取后1ns的结果求平均值。

不知接下来应该如何做,是否需要换用其他力场呢?还请各位老师指点,谢谢。

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