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[新手求助] 计算金属离子与有机配体的作用使用的基组和关键词问题

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计算小白一枚,想计算一下某个金属离子(第四周期的过渡金属)与某个有机配体的之间在酸性条件下的特定的络合作用,请教大家用的是什么基组,需要添加哪些关键词呢,是否加了基组重叠校正呢?

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发表于 Post on 2023-6-10 00:22:03 | 只看该作者 Only view this author
谈谈量子化学中基组的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
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发表于 Post on 2023-6-10 07:52:18 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子与有机配体的作用” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-6-10 07:53:15 | 只看该作者 Only view this author
仔细看Q11再问此类问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-12 10:35:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-10 07:53
仔细看Q11再问此类问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://so ...

谢谢老师的指正,我再修正一下之前的问题:我想计算一个有机配体(71个原子,C30H26N2O3)和一个+3价的第四周期过渡金属离子之间的相互作用,应该选择什么基组和关键词。用G16版本在52核104线程*2的服务器上进行计算。这样的配置如果想算溶液体系可以吗?又应该注意什么呢?谢谢您的不吝赐教。

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发表于 Post on 2023-6-12 10:47:23 | 只看该作者 Only view this author
杉杉JY 发表于 2023-6-12 10:35
谢谢老师的指正,我再修正一下之前的问题:我想计算一个有机配体(71个原子,C30H26N2O3)和一个+3价的第 ...

优化用PBE0-D3(BJ),6-311G*给配体,SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐式溶剂模型。注意过渡金属离子必须配位饱和(除了这个有机分子作为配体外,如果过渡金属离子还有额外的配位能力,得把溶剂分子作为配体考虑进去)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-12 10:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ),6-311G*给配体,SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

谢谢您,另外我还想请教一下,如果我就只做这个有机物在水溶剂条件下的相关优化(先不考虑与金属离子的作用),但是这个水溶剂比较特殊,是pH=2的酸性的水溶液,这种情况应该怎么去设置一些参数或者关键词满足酸性的水溶液呢?

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发表于 Post on 2023-6-12 15:45:41 | 只看该作者 Only view this author
杉杉JY 发表于 2023-6-12 03:59
谢谢您,另外我还想请教一下,如果我就只做这个有机物在水溶剂条件下的相关优化(先不考虑与金属离子的作 ...

参见https://mattermodeling.stackexch ... molecules/9605#9605
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-12 21:54:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 杉杉JY 于 2023-6-12 21:59 编辑
sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
优化用PBE0-D3(BJ),6-311G*给配体,SDD给过渡金属
单点用PBE0-D3(BJ)/def2-TZVPP
算溶液体系得带上隐 ...

请问老师,这里的关键词哪里错了啊?已上传gjf附件

SCQ33SPKSY6SSG[$6L6GCJT.png (14.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

SCQ33SPKSY6SSG[$6L6GCJT.png

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发表于 Post on 2023-6-13 08:56:27 | 只看该作者 Only view this author
杉杉JY 发表于 2023-6-12 21:54
请问老师,这里的关键词哪里错了啊?已上传gjf附件

PBE0要写成PBE1PBE,另外#后最好加上P写成#P

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 09:01:04 | 只看该作者 Only view this author
wzm12天空 发表于 2023-6-13 08:56
PBE0要写成PBE1PBE,另外#后最好加上P写成#P

谢谢,我试一试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 09:26:02 | 只看该作者 Only view this author
wzm12天空 发表于 2023-6-13 08:56
PBE0要写成PBE1PBE,另外#后最好加上P写成#P


谢谢,麻烦您可以再帮我看看这些指令关键词是和6楼sob说的一致的吗?

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发表于 Post on 2023-6-13 09:50:00 | 只看该作者 Only view this author
杉杉JY 发表于 2023-6-13 09:26
谢谢,麻烦您可以再帮我看看这些指令关键词是和6楼sob说的一致的吗?

建议仔细看一看2,3,4,6楼各位老师建议的帖子。还有中间提到的关键词,在论坛上都能搜到相关解释,一劳永逸的事。况且也花不了多少时间。有条件强烈建议参加sob老师的量化初级培训班四五天的时间完全能够入门的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 10:56:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-12 10:47
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请问sob老师,按照您说的基组选择和加上溶剂模型,计算报错老是说语法有错,是为啥呢?

230612calceinSc.gjf

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发表于 Post on 2023-6-13 11:47:11 | 只看该作者 Only view this author
杉杉JY 发表于 2023-6-13 10:56
请问sob老师,按照您说的基组选择和加上溶剂模型,计算报错老是说语法有错,是为啥呢?

好好看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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