关于GView 6内置的GMMX的疑问

蛋蛋 · 发表于 Post on 2023-6-26 11:53:37

各位老师好，我想用Gview 6.0内置的GMMX conformer calculation，但是我的submit 一直是灰色的；我以为我用的结构式没有优化的，优化以后仍然是灰色不能submit，请问老师应该怎么解决呢？

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-6-26 12:56:43

这个是收费模块，要购买。有大量免费的、支持量子化学计算水平的构象搜索程序可用，例如
ABCluster《ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+...》http://bbs.keinsci.com/thread-26088-1-1.html
Molclus《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

蛋蛋 · 发表于 Post on 2023-6-26 13:03:18

zjxitcc 发表于 2023-6-26 12:56
这个是收费模块，要购买。有大量免费的、支持量子化学计算水平的构象搜索程序可用，例如
ABCluster《ABClu ...

原来是这样，我说怎尝试都不行。谢谢老师解惑

paramecium86 · 发表于 Post on 2023-6-26 13:48:50

有个很像的且就是原来作者课题组的免费程序 PCModel 10 也可替代GMMX 这俩的算法基本一样的。支持的输入文件也是gjf sdf这种。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-26 18:39:54

用完全免费、极为流行的molclus比收费的GMMX强多了。本论坛基本没人用GMMX
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

使用molclus做构型/构象搜索发表的巨量文章：http://www.keinsci.com/research/molclus.html#publist

蛋蛋 · 发表于 Post on 2023-7-6 19:20:26

sobereva 发表于 2023-6-26 18:39
用完全免费、极为流行的molclus比收费的GMMX强多了。本论坛基本没人用GMMX
构型和构象搜索程序Molclus主页 ...

谢谢老师整理了这么清晰又详细的链接，我去好好学习一下

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