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[综合交流] RESP电荷拟合后使用问题

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想请教大家一个问题,第二张图是用sobtop生成的itp文件,第一张图是用RESP拟合相应的电荷。我的问题是两个文件的原子命名方式不一致,我应该怎么将电荷复制到itp文件里面呢?是直接复制还是一定要做到原子准确对应,但是现在两个文件原子命名不一致,我不知道那个原子对应那个的电荷。谢谢大家。

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发表于 Post on 2023-7-11 17:27:07 | 只看该作者 Only view this author
chg文件记录的是元素名,注定不可能对应原子名
只要你能确保原子顺序是一样的,直接复制过去就完了(当前明显顺序都不对应)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-11 19:48:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-11 17:27
chg文件记录的是元素名,注定不可能对应原子名
只要你能确保原子顺序是一样的,直接复制过去就完了(当前 ...

打扰老师再请教下,这是什么原因导致的呢?如果直接这么使用是不是就是有问题的呢,即使我将相同元素的电荷复制过去,是不是也是有问题的呢?

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发表于 Post on 2023-7-12 08:59:30 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-7-11 19:48
打扰老师再请教下,这是什么原因导致的呢?如果直接这么使用是不是就是有问题的呢,即使我将相同元素的电 ...

无论是sobtop还是下文说的脚本,都不会修改你载入的文件里的原子顺序。所以保证给这两个脚本用的输入文件都是同一个mol2文件就完了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
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