批量动力学模拟的模拟时间的疑问

mimi1999 · 发表于 Post on 2023-7-11 08:40:21

最近想用amber进行批量动力学模拟，但对于模拟时间有疑问，我看文献里有1-10ns，想请教一下在保证速度与准确率情况下，这个选取多少合适呢，

Arkin · 发表于 Post on 2023-7-11 10:13:20

你的问题不具有普遍性，模拟的长度需要根据你研究的体系和性质确定。体系越大(比如分子数多），或研究的性质越复杂(比如侧链旋转，量级在皮秒到微秒之间；a-helix 在纳秒到微秒之间；而蛋白折叠、变构等，通常需要在秒的量级），需要的模拟时间越多。

mimi1999 · 发表于 Post on 2023-7-11 16:52:43

Arkin 发表于 2023-7-11 10:13
你的问题不具有普遍性，模拟的长度需要根据你研究的体系和性质确定。体系越大(比如分子数多），或研究的性 ...

只是想批量后计算MMPBSA等指标，这个可以选择多少呢

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[Amber] 批量动力学模拟的模拟时间的疑问