VMD和GROMACS分析胶束数量求助

naoki

大家好，我想请教个问题啊。我用GROMACS跑完模拟，然后观察发现体系里有胶束一样的聚集体生成，我想统计一下这些胶束的数量，请问怎么用GROMACS或VMD实现呢？我做了以下尝试：

1. 用GROMACS的clustsize模块，用的命令是：“gmx clustsize -f 5MC8.xtc -s 5MC8.tpr -o 5MC8csize.xpm -nc 5MC8nclust.xvg -cut 0.5 -mol”，然后就报错：“Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000”，Google查了一下说这个问题是因为只有一个cluster在不同帧有固定的尺寸啥的，然后我用一帧的5MC8.pdb进行这个操作还是出现这个报错，表示不知道怎么整了……
2. 我又用VMD试了一下，在TKconsole里：“set OMI [atomselect top "resname OMI"]” 然后“measure cluster $OMI num 5 distfunc rmsd cutoff 1.0 first 0 last 500 step 1”，结果出来下面的结果：

请问我该怎样得到聚集体数量呢，还有就是如何定义聚集体呢，比如我想定义末端碳距离小于7.5埃，并且周围5埃内没有水分子的结构为胶束，这如何在上述两软件中实现呢，问题有点多，文章快投了就差这个分析，已经在这里卡了一周了，还请各位大神不吝赐教，在下感激不尽！

naoki

emm…还是没搞定，求帮助 >_< @Sobereva

LuckyLynn

请问，你上面的问题解决了吗？我在用clustsize算簇大小时遇到了同样的问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000

naoki

LuckyLynn 发表于 2020-1-6 15:13
请问，你上面的问题解决了吗？我在用clustsize算簇大小时遇到了同样的问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, M ...

没解决，最后我没计算胶束数量和尺寸，看你也做离子液体胶束啊。

LuckyLynn

naoki 发表于 2020-1-6 15:20
没解决，最后我没计算胶束数量和尺寸，看你也做离子液体胶束啊。

对的，但是我这个就是要算出胶束的尺寸大小。不管是单机运行gmx还是并行运行，都会出现同样的错。

naoki

LuckyLynn 发表于 2020-1-6 15:43
对的，但是我这个就是要算出胶束的尺寸大小。不管是单机运行gmx还是并行运行，都会出现同样的错。

这个嘛等高人解答吧恕我无能

Yolanda小雯雯

这个问题我也出现了，我感觉报错的原因可能是用-mol命令不能准确的识别xtc文件和tpr文件里面哪些原子组成分子。所以我没用-mol而是用了索引文件，索引文件是索引被统计的那一类的分子。最后得出的数据就是团簇中的原子数目和原子编号。不过我也想只用-mol就能统计团簇分子数目的办法。期待高人继续解答

xinyanli

Yolanda小雯雯 发表于 2020-3-10 11:57
这个问题我也出现了，我感觉报错的原因可能是用-mol命令不能准确的识别xtc文件和tpr文件里面哪些原子组成分 ...

想问下您最后是如何得出的呢？我使用-mol或者被统计那类分子的索引文件，结果都是整体体系全是一个团簇

脏脏阳

同样在用clustsize算簇大小时遇到了问题：Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000    有人解决了吗

hanmuhua

xinyanli 发表于 2022-9-26 10:33
想问下您最后是如何得出的呢？我使用-mol或者被统计那类分子的索引文件，结果都是整体体系全是一个团簇

你好，想请教一下，这个命令得到的avclust.xvg的纵坐标是团簇分子的个数还是尺寸呀？

chuxuedexiaobai

同遇到这个问题，只得到团簇数量和原子数，得不到团簇中的分子数