计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10463|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助表面活性剂体系跑乱了

[复制链接 Copy URL]

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

社长,我用packmol仿着教程写了一个表面活性剂的体系,是图片一那种,但是我跑了15ns以后,整个体系都混到一起了(图片二),请问社长这是怎么回事?
itp,都是用acpype做出来的,力场用的是oplsaa。

图片二.png (52.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图片二

图片二

surface.png (249.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

surface.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-3-16 11:24:50 | 只看该作者 Only view this author
acpype主要是做GAFF力场的小分子拓扑文件,它给出来的oplsaa的只是实验性质的。不要用oplsaa的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 21:20:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-16 11:24
acpype主要是做GAFF力场的小分子拓扑文件,它给出来的oplsaa的只是实验性质的。不要用oplsaa的

好的谢谢社长,后来我改了改,用的ATB下载文件,用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了,这怎么办啊社长,是需要都加上限制吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-3-19 22:26:40 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2020-3-17 21:20
好的谢谢社长,后来我改了改,用的ATB下载文件,用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了,这怎 ...

不用设限制。
也许是mdp里的设置可能不太合适。

这个例子用的就是ATB上的正辛醇,你可以先尝试重复下

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 22:31:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-19 22:26
不用设限制。
也许是mdp里的设置可能不太合适。

好的谢谢社长。

36

帖子

0

威望

349

eV
积分
385

Level 3 能力者

6#
发表于 Post on 2023-7-27 15:22:43 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2020-3-17 21:20
好的谢谢社长,后来我改了改,用的ATB下载文件,用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了,这怎 ...

你好,我想请教一下,你用ATB和联合原子力场的话,前面是不是得用GAMESS优化,想请教一下你是怎么优化的,不太会用GAMESS这个软件,在网上也没搜到相关教程。我也是做表面活性剂,因为不会用GAMESS,我就用了Gaussian优化,然后用acpype得到拓扑文件,用的GAFF全原子力场,但是不知道为啥,我能量最小化的时候一直报错,说是原子重叠,我怎么改都还是报这个错。想跟你请教一下怎么用GAMESS优化。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 14:12 , Processed in 0.164655 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list